Екологічне неблагополуччя грунту, води і повітря визначається накопиченням в них широкого спектру небезпечних для здоров'я чужорідних речовин, що надходять через продукти харчування в організм людини. До них відносяться метали, радіонукліди, пестициди, поліциклічні ароматичні і хлоровмісні вуглеводні, діоксини, а також метаболіти мікроорганізмів. Ці речовини можуть більшою чи меншою мірою мігрувати з одного середовища в іншу, а також взаємодіяти між собою як поза організмом, так і всередині нього.
Для того, щоб зробити харчування людини максимально безпечним, були розроблені міжнародні нормативні документи, положенням яких повинні дотримуватися виробники продуктів харчування. Особливим чином регламентуються умови виробництва продуктів харчування для дітей.
У XX столітті, особливо в другій його половині, стало очевидним те негативний вплив на навколишнє середовище, яке здатний надати своєю діяльністю людина. У зв'язку з цим виникла, з одного боку, проблема захисту навколишнього середовища від людини, а, з іншого боку, людини від факторів їм же порушеного середовища проживання, зокрема, постало питання про безпеку харчування. Дійсно, у багатьох харчових продуктах можуть накопичуватися шкідливі для людини речовини (токсичні, радіоактивні і ін.). Такі речовини називаються контоменантами, а процес їх накопичення в продуктах - контаминацией. Контаминанти можуть надходити з грунту, повітря і води в сировину, а також в процесі виробництва продуктів, їх зберігання та транспортування. При цьому перший процес (контамінація сировини) залишається найбільш важко керованим, в зв'язку з чим контролю безпеки сировини приділяється особлива увага. Безпека продукту за даним контоменантами визначається, виходячи з відомих для нього гранично допустимої концентрації в продукті (ГДК) і допустимої добової дози (ДСД). ДСД - максимальна кількість речовини в мг на 1 кг маси тіла людини, щоденне надходження якого протягом усього життя не робить несприятливого впливу на організм людини і його потомства. При наявності в середовищі кількох забруднювачів можливий розвиток так званого адитивного ефекту, при якому в ряді випадків відбувається підсумовування токсичності. Багато метали, що знаходяться в навколишньому середовищі, мають токсикологічне значення. Зокрема, до таких належать миш'як, кадмій, мідь, кобальт, хром, ртуть, марганець, нікель, свинець. Важливо, що більшість з них грає важливу роль у фізіологічних процесах, а їх дефіцит викликає серйозні захворювання. У той же час підвищене надходження цих металів в організм людини може викликати токсичні реакції. Регламентує документом для Росії в цьому напрямку є СанПіН (Санітарно-епідеміологічні Правила і нормативи) 2.3.2.1078-01 «Продовольча сировина і харчові продукти. Гігієнічні вимоги безпеки і харчової цінності харчових продуктів ».
Промислове забруднення середовища свинцем, зокрема, призводить до щорічного його вступу в Балтійське море в обсязі близько 5400 т. Свинець добре накопичується в рослинах (листя, стебла), з якими потрапляє в організм людини і тварин. Потрапивши в організм корови, він накопичується в м'ясі і концентрується в молоці. Забруднення продуктів харчування може відбуватися і при проникнення свинцю з припою швів збірних металевих консервних банок в разі їх неякісного виготовлення або при перевищенні терміну зберігання. Технологія виробництва консервованих продуктів в даний час добре відпрацьована і ретельно контролюється, що забезпечує їх безпеку. Проте потенційно небезпечною може стати продукція сумнівних виробників і консервів з простроченим терміном зберігання.
Особливу проблему становить широке застосування в сільському господарстві пестицидів, без яких сьогодні немислимий високоефективний агрокомплекс. Потрапляючи в рослини, пестициди можуть накопичуватися в них, надаючи токсичну дію на людину. Більш того, описані канцерогенні і мутагенні ефекти деяких пестицидів. З іншого боку, для багатьох пестицидів відомий виражений ефект біологічного посилення в результаті прогресивного накопичення токсичних речовин по харчовому ланцюгу (рослина-птиця - тварина і т.д.), на вершині якої може виявитися і людина.
Потрапляючи в водойми, пестициди можуть виявитися в водоростях, зоофітопланктоне, рибі. Різноманіття пестицидів не дозволяє зупинитися окремо на кожному виді. Слід зазначити, що у всіх країнах світу і в Росії визначені величини допустимих залишкових кількостей (ДОК) пестицидів в продуктах харчування (в мг / кг). У зв'язку з цим, важливими проблемами є, з одного боку, недопущення забруднення сировини для виробництва продуктів харчування, що забезпечується, зокрема, системою моніторингу за станом навколишнього середовища, а з іншого боку, ретельно гігієнічним контролем за виробництвом і готовою продукцією.