На ранніх стадіях донованоз може бути помилково прийнятий за твердий шанкр або широкі кондиломи. Рясні вегетації на статевих органах і в періанальної області легко сплутати зі злоякісним новоутворенням. На пізніх стадіях, особливо при рубцевих деформаціях. диференційний діагноз повинен включати венеричну лімфогранулему. У США у хворих з підозрою на донованоз з виразки досить часто виділяють Haemophilus ducreyi. Таку форму м'якого шанкра називають псевдодонованозной. Поразка статевого члена при амебіазі також нагадує донованоз.
Гістологічна картина характеризується яскраво вираженим акантозом і псевдоепітеліоматозная гіперплазію епідермісу. У дермі виявляють запальний інфільтрат, що складається в основному з плазматичних клітин і макрофагів.
На пофарбованих гематоксиліном і еозином зрізах тільця Донована. як правило, не видно, і це служить джерелом діагностичних помилок (не знайшовши тілець Донована. ставлять гістологічний діагноз плоскоклітинного раку і вдаються до невиправданих хірургічних втручань).
Тельця Донована добре видно на зрізах, імпрегновану сріблом, але кращий метод їх виявлення - мікроскопія подрібненого препарату. Для цього проводять пункційну біопсію грануляційної тканини на краю виразки. Нижню частину отриманого стовпчика тканини розтирають між двома сухими предметними стеклами, фіксують метанолом і забарвлюють по Райту або Гімзою. В приготованому таким чином препараті чітко видно тільця Донована - овальні коккобацілламі розмірами 2х1 мкм, розташовані в вакуолях макрофагів. Капсула забарвлюється в червоний колір, а сама бактерія завдяки біполярному розташуванню хроматину нагадує англійську шпильку. Макрофаги діаметром 25-90 мкм з безліччю вакуолей, в яких містяться тільця Донована, - патогномонічний ознака донованоза.
Крім того, тільця Донована можна виявити в мазках з шийки матки, пофарбованих по Папаніколау.
Донованоз часто поєднується з іншими венеричними хворобами. особливо з сифілісом. Крім того, поразка періанальної області при донованоза буває неможливо відрізнити від широких кондилом. Тому всім хворим проводять серологічні реакції на сифіліс та мікроскопію в темному полі. Повторне проведення цих досліджень не обов'язково, якщо через нього затримується початок лікування, а хворий не вселяє довіри в плані спостереження і утримання від статевих контактів.
У країнах, де донованоз широко поширений, його потрібно виключити у кожного хворого з широкими кондиломами. непідвладними лікуванню бензатінбензілпеніціллін.