Головними труднощами діагностики хламідіозу при виявленні хламідій виявляються їх малі розміри, а також нездатність рости на штучних поживних середовищах. Оскільки хламідії мешкають усередині клітин циліндричного епітелію, матеріалом для дослідження на наявність хламідій є зішкріб епітелію, а не виділення з уретри, як при гонореї. Звичайні методи забарвлення за Романовським-Гімза виявляються недостатніми, так як через малі розміри збудника можна виявити тільки хламідійні включення. Таким методом можна виявити хламідій тільки у 15-20% хворих.
Основою лабораторної діагностики хламідіозу є імунофлуоресцентний метод, який базується на використанні моноклональних антитіл, мічених флюоресцеин-ізотіоціонатом. Специфічність і чутливість ПЛР не поступається культуральній діагностиці. Культуральне дослідження хламідій (золотий стандарт) необхідні в процесі оцінки динаміки лікування, а також в дитячій практиці.
Для виділення хламідій частіше використовують лінію клітин Мак-Лея. У культуральне середовище додають ціклогексамід, що знижує метаболічну активність еукаріотичних клітин. Для стимуляції прикріплення бактерій до клітин і їх фагоцитозу застосовують обробку ДЕАЕ-декстрану, який впливає на фізико-хімічні властивості клітинних мембран. Для досягнення оптимального результату при первинному виділенні хламідій з клінічного зразка досліджуваний матеріал нашаровуються на поверхню клітин за допомогою центрифугування, що сприяє осіданню мікроорганізмів на клітинному монослое і підвищує ефективність контакту хламідій з клітинами. При інкубації протягом 48-72 год при температурі 36 ° С в клітинах з'являються хламідійні включення, які можна виявити при окарашіваніі за методом Романовського-Гімза. Однак найбільш чутливим методом ідентифікації хламідій в культурі клітин є ІФА з моноклональними антитілами, що дозволяє виявити в 5-8 разів більше включень, ніж при фарбуванні по Гімза.
Не слід використовувати некультуральние тести на хламідії через можливість хибнопозитивних результатів. Культуральний метод дуже важливий при підозрі на наявність персистуючої інфекції, оскільки сприяє виявленню цитоплазматичних включень, характерних для такого роду течії хламідійної інфекції. Хоча для виявлення хламідій найбільш інформативним є культуральний метод, для експрес-діагностики хламідіозу переважно використовувати метод прямої імунофлуоресценції з моноклональними антитілами. При цьому слід враховувати, що дослідження підлягають не вільні виділення, а зішкріб епітеліальних клітин.
Для масових скринінгових обстежень переважно використовувати імуноферментний метод. Сучасні серологічні методики, здатні виявляти не тільки IgG, але також IgA і IgM, особливо важливі для виявлення хламідій у дітей, при наявності інфекції в важкодоступних для взяття соскобного матеріалу місцях, ускладненому перебігу урогенітального хламідіозу і хвороби Рейтера.
Обстеження на наявність хламідій (навіть при відсутності симптомів захворювання) рекомендується проводити поряд з іншими особами, що входять до групи ризику, сексуально активним дівчатам-підліткам, особливо схильним до зараження хламідійною інфекцією, якщо вони часто змінюють статевих партнерів і не користуються бар'єрними контрацептивами. Доцільно також щорічно проводити обстеження жінок дітородного віку, особливо тих, хто використовує гормональні контрацептивні засоби, змінює статевих партнерів, в анамнезі яких є вказівки на позаматкову вагітність і запальні захворювання органів малого таза.
Прямий імунофлуоресцентний тест або ПЦР. виконані раніше 3-4 тижнів після лікування, можуть дати хибно позитивні результати через можливе збереження нежиттєздатних мікроорганізмів або їх залишків.
На даний момент одним з найбільш достовірних сучасних методів дослідження на хламідії та інші сечостатеві інфекції є біорезонансна діагностика