Суть методу - виділення чистої культури мікроба - збудника з патологічного матеріалу, докладне вивчення його морфологічних, тинкторіальних, культуральних, біохімічних, серологічних властивостей з метою подальшої ідентифікації збудника. При здійсненні бактеріологічного методу дослідження виділяють 4 етапи.
А. З огляду на дані, отримані при бактеріоскопічному дослідженні, здійснюється вибір максимально ефективних поживних середовищ, на яких з найбільшою часткою ймовірності вдасться отримати зростання культури передбачуваних мікробів - збудників.
Б. Проводиться посів досліджуваного матеріалу на ряд поживних середовищ: рідких і щільних, універсальних, елективних-селективних, диференційно-діагностичних. При цьому посів на чашки Петрі з щільними живильними середовищами проводиться бактеріологічною петлею штрихом з метою забезпечити можливість отримання зростання ізольованих один від одного колоній мікробів (можна користуватися також способом Дрігальского або іншим методом роз'єднання культур мікроорганізмів).
А. Вивчаються культуральні властивості виросли на поживних середовищах мікроорганізмів; проводиться відбір підозрілих колоній. Слід підкреслити, що відбір підозрілих колоній - самий відповідальний і важкий етап роботи. Він заснований, перш за все, на визначенні характерних особливостей колоній мікробів, але найчастіше це не дозволяє диференціювати колонії мікробів окремих видів і доводиться додатково вивчати морфологію мікробів в мазках з підозрілих колоній, особливості росту мікроорганізмів на диференційно-діагностичних середовищах і т.д. Виділення чистих культур бактерій і їх вивчення можна здійснювати, проводячи попередній посів на рідкі середовища збагачення, але при цьому витрачається додатковий час дослідження.
Б. З підозрілих колоній готується бактеріологічний мазок, забарвлюється за Грамом і проводять мікроскопію (встановлюється ідентичність мікроорганізмів з вивченими при мікроскопічному дослідженні на 1-му етапі).
В. З решти підозрілої колонії проводиться пересівши культури на скошений м'ясо-пептони агар (можна використовувати і інші поживні середовища, на яких передбачається хороший зростання виділених мікроорганізмів). Мета, накопичення чистої культури мікроба - передбачуваного збудника захворювання, тому що на наступному етапі дослідження потрібно багато мікробної маси.
У передбачуваного збудника вивчаються сахаролитические властивості (проводиться посів на середовища строкатого ряду середовища Олькеницкого, Ресселя і ін.), Протеолітична активність (посів на желатин, молоко по Тукаева, визначення освіти індолу і сірководню при зростанні на м'ясо-пептонном бульйоні). Досліджується чутливість виділених культур до антибіотиків (частіше методом стандартних паперових дисків, рідше - методом серійних розведень). Проводиться серотіпірованіе в реакції аглютинації на склі з груповими і типовими діагностичними сироватками; фаготіпірованіе зі стандартними діагностичними бактеріофагами. Для ідентифікації в деяких випадках вивчаються фактори патогенності у бактерій.
Проводиться облік результатів проведених досліджень. На підставі зіставлення виявлених у мікроорганізмів властивостей (морфологічних, тинкторіальних, культуральних, біохімічних, серологічних і т.д.) здійснюється ідентифікація мікробів. Видається остаточну відповідь з результатами бактеріологічного дослідження, де вказується вид збудника (іноді - його серотип, біовар, фаготип) і його чутливість до антибіотиків.
Досить часто для отримання достовірних результатів видачі відповіді передують, біологічний, алергологічний або інші методи дослідження.
Переваги бактеріологічного методу дослідження: висока достовірність результатів дослідження; можливість отримання додаткових даних про чутливість виділених збудників до антибіотиків; можливість проведення епідеміологічних досліджень.
До недоліків методу можна віднести тривалість дослідження (не менше 4-5 днів), а також неможливість його використання в тих випадках, коли збудники інфекції не ростуть на штучних поживних середовищах (наприклад, рикетсії, хламідії).