Сюжет другої частини починається рівно з того моменту, на якому закінчилася перша. Дивлячись ролик, згадуємо передісторію. В кімнату раптово заходить Люсі і просить піти з нею. Після невеликого діалогу лягаємо в Анімус. Спостерігаємо за народженням головного героя (Еціо Аудиторові). Нам пропонують освоїться в управлінні. Отже, рух ногами - пробіл, руками - shift, удар рукою - ліва кнопка миші, рух головою - російська «у». Встаємо з Анимуса і біжимо за Люсі. Попутно спостерігаємо за її майстерністю рукопашного бою. На автостоянці доведеться битися. Опинившись в штаб квартирі, знайомимося з іншими членами команди. Говоримо з ними по черзі.
Лягаємо в Анімус.
Флорентійська республіка.
1476 рік.
Перша послідовність.
Боремося з людьми Вієрі Пацці. Відпрацьовуємо різні комбінації. Після перемоги, збираємо з тіл повалених ворогів гроші.
Бачили б ви іншого хлопця.
Говоримо з Фредеріку. Йдемо за ним, до лікаря. Лікуємося, також в подальшому у нього можна буде купувати ліки і отрута.
Біжимо з братом наввипередки до церкви. Робимо це тих пір, поки не виграємо. Піднімаємося на самий верх.
Стаканчик перед сном.
Синхронізуємо місцевість і вирушаємо до Христини. На її запрошення піднімаємося до неї в кімнату. Побачити всю «красу» гри можливо тільки завдяки своєчасному натискання кнопок (QTE). З ранку нас виявляє батько Христини. Тікаємо від стражників.
Говоримо з батьком. Він просить нас доставити лист Лоренцу. Після передачі назад повертаємося до Джованні. Знайомимося з Уберто.
Розплата за зраду.
Говоримо з сестрою (Клаудія). Дізнаємося про те, що її чоловік зраджує їй. Знаходимо Дуччо і б'ємо його.
Говоримо з братом (Петруччо). Дістаємо для нього пір'я орла, щоб він пішов спати.
Говоримо з мамою (Марія). Йдемо за нею. Знайомимося з Леонардо да Вінчі. Піднімаємо ящик і повертаємося назад додому.
Потрібно доставити для батька 2 листи і послання з голубники.
Увійшовши до будинку, дізнаємося неприємну новину: батька і братів забрали в тюрму, необхідно їх виручати. Вирушаємо в камеру, де тримають батька. Рівень настороженості стражників підвищився, тому пересуваємося по місту обережно. Розправляємося з ворогами на даху, говоримо з батьком.
Включаємо «Орлине зір». Проходимо в потаємну кімнату. Дістаємо з скрині лист, костюм ассасина і зброю. Біля ганку нас намагаються зупинити два стражника. Вбиваємо їх. Доставляємо лист Уберті.
Йдемо до суду над рідними Еціо. Уберто замість того, щоб надати документи про їхню невинність, навпаки звинувачує і наказує вбивати батька і братів. Боротися з великою кількістю охоронців у нас поки ще недостатньо досвіду, тому розумним рішенням буде втекти.
Флорентійська республіка.
1476 рік.
Друга послідовність.
Знайомимося з Паолой. Проходимо невелику тренування. Вчимося ховатися в натовпі і красти.
Козир в рукаві.
Йдемо до Леонардо. Надавши йому зіпсований предмет і сувій, він робить з нього нову зброю для нас - клинок. У двері стукає стражник. Він починає бити Леонардо, підкрадаємося ззаду і вбиваємо стражника.
Суддя, присяжний, кат.
Починаємо стеження. Використовую натовп, прокрадається до заднього двору і вбиваємо Уберто.
Нам потрібно виїхати з Флоренції, але перед цим потрібно знизити свою популярність серед правоохоронців. Для цього зриваємо плакати, підкуповуємо глашатаїв і вбиваємо хабарників.
Потрібно терміново йти з міста. Супроводжуємо матір і сестру до самої околиці.
Тоскана.
1476 рік.
Третя послідовність.
Допомога в дорозі.
По дорозі зустрічаємо Вієрі Пацці. Боремося з парочкою ворогів. І, здавалося б, зараз належить нерівний і дуже важкий бій з десятками підлеглих Вієрі, але на допомогу приходить дядько Еціо - Маріо. Вбиваємо залишилися ворогів.
Йдемо за дядьком Маріо, паралельно розглядаючи нове містечко. Отримуємо від нього трохи грошей, купуємо на ринку спорядження і ліки.
Повторення - мати навчання.
Проходимо невелику підготовку. Вчимося йти від атак, проводити контратаки, дражнити ворога і раптово тікати від нападників. В кінці тренування відпрацьовуємо нові прийоми на дядечка.
Йдемо за Маріо. Отримуємо метальні ножі. Проникаємо в місто через паркан. Вбиваємо лучників і відкриваємо ворота. Йдемо за дядьком. Вбиваємо всіх стражників, які будуть заважати. Від одного з солдатів дізнаємося про засідку і швидко вирушаємо на допомогу до дядька.
Йдемо до воріт. Спостерігаємо невелику заставку. Піднімаємося на вежу і вбиваємо Вієрі Пацці.
Йдемо за Маріо. Читаємо лист. Піднімаємося на дах особняка і синхронізуємо місцевість. Шукаємо 4 сторінки кодексу. Знайти їх дуже легко, досить поглянути на карту - «TAB».
Оглядаємося в будинку. Спілкуємося з сестрою, архітектором. Дядько покаже нам таємне святилище, в якому знаходиться великий пам'ятник Альтаїра і його обладунки. Щоб отримати їх необхідно знайти 6 артефактів, місця їх зберігання будуть доступні у міру проходження сюжету.
Флорентійська республіка.
1478 рік.
Йдемо у внутрішній двір. Відчуваємо на манекенах нові типи вбивства. Повертаємося до Леонардо і отримуємо нову зброю.
Включаємо орлиний зір і знаходимо людини, підсвіченого жовтим кольором. Він краде наші гроші і намагається втекти. Вирушаємо навздогін за ним. Для того щоб зловити його потрібно при наближенні до нього швидко натиснути клавішу Shift.
Біжимо за Ла Вольпе.
Потрібно спуститися в катакомби. Проходимо ряд нескладних випробувань. Дивимося ролик. Піднімаємося на стіну, ліворуч від дверей. На рівнях також присутні вороги, тому намагаємося діяти, не привертаючи уваги ворогів або безшумно усуваючи їх. Відкривши двері, вбиваємо всіх ворогів внизу. Далі належить наздогнати і вбити бігуна, в іншому випадку він покличе інших стражників і тоді без бою далі не пройти. Підслухавши розмову, йдемо відкривати перший саркофаг (всього їх 6, як було сказано раніше, вони необхідні для відкриття решітки в віллі дядька Маріо). Залишаємо катакомби.
Другий артефакт можна отримати одразу після цієї місії. На карті він позначений відповідним символом.
Вовки в овечих шкурах.
Йдемо на площу. У зеленій області знаходимо Лоренцо. Допомагаємо йому розправитися з ворогами. Найкраще використовувати клинок, і поки помічники борються зі стражниками, підкрадаємося ззаду і вбиваємо їх. Далі відводимо Лоренцо в безпечне місце.
Йдемо до палацу. Піднімаємося на дах зі зворотного боку палацу. Вбиваємо стражників або, ігноруючи їх, напролом біжимо до Пацці. Чіпляючись за уступи, спускаємося вниз. Наздоганяємо і вбиваємо його. Дивимося ролик.
Флорентійська республіка.
1478 рік.
Говоримо з Лоренцо. Він повідомляє нам імена втекли змовників, яких ми маємо знайти.
Йдемо до Леонардо. Отримуємо нову зброю - отруєний клинок.
Вчимося ухилятися від атак і відбирати зброю у ворогів під час бою.
Людина в рясі - ще не чернець.
Потрібно поїхати в абатство і вбити там Стефано та Баньено. Від помічника дядька отримуємо димові шашки. Вони відмінно підходять для швидкого відходу від ворогів. Заходимо в храм, швидко знаходимо Стефано і вбиваємо його. Після цього використовуємо димову шашку, щоб відірватися від ворогів.
За зачиненими дверима.
Наказуємо помічникам атакувати стражників охороняють ворота, а самі в цей час піднімаємося по стіні і активуємо важіль на зворотному боці. Вбиваємо Франческо Сальвіаті.
Ховаємося від ворогів.
Антоніо Маффеи піднявся на найвищу будівлю і намагається вселити людям неймовірні речі. Потрібно залізти на те саме місце і вбити глашатая. А потім сховатися.
Йдемо в зелену область. Знаходимо Бернардо Барончелли і вбиваємо його. Ховаємося.
З такими друзями ...
Стежимо за Якопо, не привертаючи уваги. Дивимося ролик. Вбиваємо стражників і добиваємо Якопо.
Флорентійська республіка.
1480 рік.
Говоримо з Лоренцо. Отримуємо від нього плащ Медічі. Поки ви його носите, стражники не звертають на вас уваги. Від перехожого дізнаємося, що Леонардо запросили в інше місто для написання картин.
Канікули в Романьї.
Потрібно супроводити Леонардо до міста. Управляємо візком. Чи не виляти візком занадто сильно, інакше вона може перевернутися. Зачіпати перешкоди ні в якому разі не потрібно, це не допомагає струсити ворогів з воза. Після поїздки, щоб Леонардо міг втекти, утримуємо ворогів. Говоримо з Леонардо. Щоб потрапити до Венеції, необхідний пропуск.
Знаходимо човен і рятуємо жінку на острівці. Натомість вона домовляється з човнярем, щоб той дозволив нам доплисти до Венеції.
Граємо за Дезмонда. Спілкуємося з Шоном і Ребекка. Спускаємося вниз, до Люсі. Тепер Дезмонд відмінно дереться по стінах і б'ється. Потрібно активувати сканери (2 внизу, 2 нагорі). Говоримо з Люсі.
Граємо за Альтаїра. Прямуємо за невідомою дівчиною. Розвертаємось і біжимо по стіні нагору, включаємо орлиний зір і знаходимо її. Прямуємо за нею. Піднімаємося на вежу.
Граємо за Дезмонда. Лягаємо в Анімус.
Венеціанська республіка.
1481 рік.
Бенвенуто.
Супроводжуємо Леонардо до його нового будинку.
Мітка на пам'ять.
Допомагаємо Розі. Біжимо за нею, по шляху розправляємося зі стражниками. Коли вона буде не в змозі йти далі, піднімаємо її і доноси до місця призначення. Супроводжуємо гондолу. Піднімаємо Розу, кладемо її на стіл. Антоніо витягне стрілу з її ноги.
Говоримо з Розою. Вчимося підтягуватися в стрибку.
Знаходимо трьох зрадників і вбиваємо їх. Перший на кораблі, другий, на ринку, а третій на даху.
Говоримо з Розою. На час піднімаємося до вежі, а потім спускаємося вниз.
Потрібно звільнити бранців, яких заарештував Еміліо.
Вбиваємо стражників, відкриваємо клітку і доставляємо бранцем в безпечне місце. 1 з 4 повинен вижити обов'язково.
Зустрічають по одягу.
Потрібно знайти 3 скрині. Вбиваємо стражників і обшукуємо їх. Далі сідаємо в човен і доставляємо її до причалу.
Для початку потрібно вбити лучників, щоб люди Антоніо могли зайняти їх місця. Говоримо з Антоніо. Піднімаємося на дах палацу, а звідти спускаємося у внутрішній дворик. Вбиваємо стражників і самого Еміліо.
Одного поля ягоди.
Стежимо за тамплієрами, підслуховуючи їхні розмови. Не забуваємо ховатися в натовпі. По дорозі стражники буду перегороджувати дорогу, тому швидко наймаємо спритників, щоб вони відволікали їх, і ми могли пройти далі. Дійшовши до площі, дивимося ролик і продовжуємо стеження.
Якщо відразу не вийде ...
Біжимо разом з Антоніо до площі. Розглядаємо палац з-під різних кутів, щоб знайти найкраще місце для проникнення. Знайшовши таке місце, через будівельні ліси піднімаємося на дах.
Хто не ризикує, той не п'є марсалу.
Спробуємо літаючу машину Леонардо. На жаль, далеко пролетіти не вдасться. Дивимося ролик, Антоніо повідомив що вороги вже дістали отрута. Треба поспішати.
Гарний початок - половина справи.
Розчищаємо 4 зони.
Летимо на диво машині до палацу, від багаття до багаття. По дорозі можна використовувати ноги, для збивання ворогів з даху. Приземлившись, потрібно не привертаючи уваги проникнути до Дожеві і врятувати його. Ховаємося за колонами, вбиваємо стражників одного за іншим. Врятувати Дожа не вдається, Карло Гірмальді встиг його отруїти. Звичайно ж, вбивство вішають нас. Потрібно наздогнати і вбити Карло. Парочка димових шашок не будуть зайвими, щоб сховатися.