Так як виділення анаеробів пов'язане з труднощами і вимагає багато часу, діагноз анаеробної інфекції часто грунтується на клінічних даних. Некроз і інші процеси, що супроводжуються зниженням тканинного окислювально-відновного потенціалу, свідчать на користь цього діагнозу. Локалізація інфекційного вогнища поблизу слизової шлунково-кишкового тракту, жіночих статевих органів або ротоглотки також свідчить на користь анаеробної інфекції. Смердючий запах для анаеробної інфекції майже патогномоничен, так як анаероби, розмножуючись в некротизованих тканинах, синтезують ряд органічних кислот. Однак відсутність такого запаху анаеробну інфекцію не виключає.
Анаероби часто бувають одними з збудників змішаної інфекції. При цьому в забарвлених по Граму мазках ексудату виявляються множинні поліморфні коки або палички. Іноді по морфології бактерій вдається припустити їх видову приналежність. Наявність газу в уражених тканинах характерно, але не патогномонічні для анаеробної інфекції. На її можливість вказує неефективність антибіотикотерапії, що не розрахованої на цих збудників (щодо анаеробів неактивні аміноглікозиди. В ряді випадків пеніциліни. Цефалоспорини. Тетрациклін).
В бактеріологічній діагностиці анаеробних інфекцій критичне значення мають:
- правильність взяття проб;
- їх швидка доставка в лабораторію, переважно в анаеробних умовах;
Проба повинна бути взята точно з інфекційного вогнища. Необхідно уникати її обсіменіння нормальною мікрофлорою. Завідомо обсіменені проби дослідженню не підлягають.
Непридатні для виявлення анаеробів:
- мокрота, отримана шляхом відкашлювання або аспірації через назотрахеальной зонд;
- матеріал, отриманий при бронхоскопії;
- мазки з піхви і шийки матки;
- сеча, отримана при сечовипусканні;
Годяться для дослідження: кров; СМЖ; плевральнийвипіт; матеріал, отриманий шляхом пункційної коникотомии, трансторакальной біопсії легені, кульдоцентеза; гній, отриманий при пункції абсцесу; сеча, взята шляхом надлобковій пункції сечового міхура. Оскільки навіть короткочасний вплив кисню знищує деяких анаеробів, перед пункцією абсцесу повітря зі шприца видаляють, а після пункції на голку надягають стерильну гумову заглушку.
Відносно забруднених голок дотримуються звичайних застережних заходів. Матеріал відразу ж поміщають в спеціальний контейнер з відновленої середовищем або прямо в шприці негайно відносять в лабораторію для культивування в анаеробних умовах.
Тампони для взяття проб не застосовують. Якщо пробу все ж довелося взяти тампоном, останній відразу ж завадять в напіврідку відновлену середу.
Затримка з доставкою в лабораторію призводить до того, що анаероби гинуть під дією кисню або витісняються факультативними анаеробами.
При підозрі на анаеробну інфекцію з кожної взятої проби обов'язково готують мазок з забарвленням по Граму - для пошуку бактерій з характерною морфологією. Нерідко буває так, що в мазку знаходять змішану мікрофлору, а при посіві або нікого не виділяють, або виділяють тільки стрептококів або тільки Escherichia coli. Подібна ситуація дуже характерна для анаеробних інфекцій і обумовлена загибеллю анаеробів через неправильного транспортування і техніки культивування.