У 1733 році, коли після початку війни Російської імперії з Туреччиною кримський хан наказав запорожцям Олешківські Січі йти до російського кордону, генерал Вейсбах (він в цей час займався пристроєм української лінії фортець) вручив козакам грамоту. Козаки отримали грамоту государині Анни Іоанівни про помилування і прийнятті в російське підданство. В результаті була створена Нова (Підпільненську, або Підпільнянская) Січ, вона проіснувала до остаточного знищення Запорізької Січі в 1775 році.
Нова Січ дуже відрізнялася від старої. Вона стала не тільки військовим, але і господарським, політичним утворенням. Козаки отримали повне самоврядування і землі для обгрунтування. З'явилися нові структури (провінції) - «паланки». Кожна така паланка була під управлінням полковника, осавула та писаря, які підпорядковувалися Коша. Основним джерелом доходу козаків було зовсім не платню, а землі. В околицях Січі селилися сімейні козаки, вони не мали права голосу на раді, права обрання на посади та були зобов'язані сплачувати до скарбниці Січі свого роду податок з сім'ї. Жителі Січі жили за рахунок рибальства, полювання, скотарства, землеробства і торгівлі. Старшина отримував дохід від мита за ввезення товарів, володіння землями, пасовищами, ловами.
Козаки підпорядковувалися тільки своїми законами, у незначних справах позивалися в паланках, по значним - у кошового. Злочинця могли видати імперським властям, але найчастіше карали самі, аж до смертної кари. Січ швидко стала однією з процвітаючих областей Росії. Паланки стали селами, хуторами.
Н о в Січі були сильні протиріччя між старшиною і голотою. Так, царський уряд практично відразу порушила зобов'язання видавати щорічно Січі 20 тис. Рублів платні. Уже з 1738 року стали давати тільки 4-7 тис. Решту грошей наказали виплачувати з армійських фондів, але вони були порожні. В результаті влада стали хитрувати - видавали публічно 4 тис. Рублів, решту грошей передавали таємно старшині, курінним отаманам. Однак козаки швидко про це дізналися і в 1739 р кошового Тукало і старшин скинули, побили і пограбували їх майно (кошовий був так сильно побитий, що незабаром помер). Надалі старшини продовжували багатіти. Рядові ж козаки бідували, всі пільги йшли на користь старшини.
Рядові козаки працювали на старшину, рибалили, розвинулося і «гайдамацтво», т. Е. Розбій. У пониззі Бугу сходилися російські, турецькі та польські кордони, що допомагало сховатися після грабежу. У 1750-1760-і роки гайдамацтво стало справжньою бідою цього району. Люди боялися їздити через ті місця. З Туреччини і Польщі скаржилися на запорожців. Вказівки імперських властей ігнорувалися.
При Катерині II ситуація змінилася. Вона всерйоз зайнялася справами України. Малоросійська колегія була відновлена. Її президентом був призначений генерал П. А. Румянцев. Він застав на Україні картину повного розвалу. Військова верхівка відбилася від рук, старшини перетворилися на всемогутніх панів. Вони дійшли до того, що воювали один з одним, оскаржуючи землі, озброюючи козаків і селян. Населення піддавалося експлуатації. Рядові козаки або розорялися, перетворюючись в наймитів, або займалися особистим господарством. Негативним чином на війську позначився указ 1721 року про заохочення козачого винокуріння. Багато людей спилися, інші пропили свої земельні ділянки. В результаті Малоросійське військо розклалося. Румянцев не міг організувати навіть пошту: багаті служити не хотіли, бідні не мали можливості.
Довелося вжити заходів для відновлення боєздатності місцевих військ. В цілому Україна повинна була втратити свій особливий статус і бути прирівняна до інших російським губерніях. Січ в цих планах була серйозною перешкодою.
Частина козаків пішла на Дунай під владу турецького султана і створивши Задунайську Січ. У 1828 році задунайські козаки перейшли на бік російської армії і були помилувані особисто государем Миколою I. З них було створено Азовське козацьке військо. У Росії, в умовах війни з Туреччиною, Олександр Суворов в 1787-1788 рр. з козаків колишньої Січі та їх нащадків організував «Військо вірних Запорожців». У 1790 році воно було перетворено в Чорноморське козацьке військо і потім отримало територію лівобережної Кубані. Козаки взяли активну участь у Кавказькій війні та інших війнах Російської імперії.