У 1920-х роках Новоніколаєвськ стає центром Сибірської обновленческой митрополії. Більшість парафій Новомиколаївської губернії захоплюють розкольники-обновленці на чолі з лжемитрополити Томський і Сибірським Петром Блінова. Обновленчество і діяльність священика Петра Блінова знаходили в той час підтримку влади, але серед прихожан і частини духовенства він зустрічав несхвалення і засудження.
Одночасно з поліцейським переслідуванням Церкви посилювалася і кампанія з пропаганди атеїзму серед народу. У 1925 році під керівництвом секретаря ЦК ВКП (б) Е. М. Ярославського організовується «Союз безбожників», пізніше перейменований в «Союз войовничих безбожників» (1929). Через рік цей союз вже налічує 87 тисяч членів. Хорошим знаряддям «союзу» в боротьбі з Церквою Христовою були дії обновленцев-розкольників.
Новосибірська єпархія. Митрополит Никифор (Асташевскій; †1937) і архієпископ Сергій (Васильків; †1937) з духовенством і мирянами. Фото 1937 року.
Обновленческий лжесобор був задуманий для повалення патріаршого престолу. У програмі засідань стояли такі питання: 1. Про світ в Церкві. 2. Про церковному упорядковані. 3. Про участь Російської Церкви у Вселенському Соборі. 4. Про вибір вищого органу церковного управління. На останньому засіданні обрано був вельми численний Синод з 35 церковних діячів. Серед них були і колишній голова обновленського Синоду лжемітрополіт Євдоким (Мещеряков), так званий «митрополит всія Сибіру» Петро Блінов і глава Української обновленческой Церкви лжемітрополіт Пімен (Пегов), але в Синод увійшли також священики і миряни. Обрали і президію з чотирьох членів: лжемітрополіт Московський Серафим (Руженцев), «мітрополітблаговестнік» Олександр Введенський, протопресвітер Красоткин і професор С. Зарін. Головою Синоду і президії залишився лжемітрополіт Веніамін, але справжнім начальником і натхненником обновленчества залишався Введенський.
До 1933 року в цілому була закінчена насильницька колективізація сільського населення. Залишилися окремі громадяни, які не проживають в селах і селах: мисливці і насельники численних староверческих скитів, розкиданих в найвіддаленіших і незручних для проживання районах в верхів'ях річок, в глухій тайзі. Органами ОГПУ була сфабрикована справа під назвою «Старообрядницька контрреволюційна повстанська організація« Сибірське братство ». Старообрядці звинувачувалися в підготовці збройного повстання з метою повалення радянської влади, в антиколгоспну і антирадянської агітації серед селян, у випуску та розповсюдженні контрреволюційних брошур. З 1932 року проводилося прочісування тайги з метою пошуків таких скитів. У справі організації «Сибірське братство» в Західно-Сибірському краї було засуджено і засуджено до різних мір покарання 283 людини. З них єпископів - 3, попів і начотчиків - 32, ченців - 74.
Ордер на арешт. Ордер № 259, виписаний співробітнику УГБ УНКВД по Західно-Сибірському краю на арешт архієпископа Сергія.
Наступником Владики Никифора на Новосибірської кафедрі, після відправки його на спокій в 1935 році, став архієпископ Сергій (Васильків; †1937). Але недовго йому довелося керувати православною паствою, в 1937 році він був заарештований і розстріляний. У 1938 році був розстріляний єпископ Томський Серафим (Кокотов). З 1937 року Новосибірська єпархія, як і більшість інших архієрейських кафедр Руської Православної Церкви того часу, залишилася без архіпастирського управління.
У 1935-1938 роках велике число священнослужителів звинувачувався в тому, що вони були членами кадетско-монархічної організації «Союз порятунку Росії». У цю так звану «організацію» органи НКВС включали священнослужителів Православної Церкви всіх орієнтацій, старообрядців і представників інших релігійних течій. Репресованих єпископів, священиків, дияконів, церковних сторожів і мирян після арешту змушували підписувати проти себе найнеймовірніші свідчення, і виконували вирок.
Обновленчество розділило долю всієї Православної Церкви. Влада в ті роки зовсім перестали робити будь-які відмінності між представниками церковних орієнтацій. У 1937-1938 роках було заарештовано і фізично винищені найпомітніші лідери обновленчества: Петро Блінов - колишній глава сибірських обновленцев, Петро Сергєєв - обновленческий митрополит Ростовський, Василь Челябінський - обновленческий глава Уралу та інші. Ще раніше, в 1934 році, був заарештований і помер в ув'язненні Олександр Іванович Боярський - найвизначніший лідер обновленчества, в останні роки свого життя - митрополит Іваново-Вознесенський. У 1935 році вийшов «саморозпуск» Синоду. Єдиним духовним центром обновленчества з цього часу є митрополит Віталій Введенський - колишній голова Синоду. З ініціативи професора Заріна (свого секретаря), митрополит Віталій приймає пишний титул «Першоієрарха Московського і всіх православних церков в СРСР». Однак вся ця зовнішня помпа не може приховати тієї ситуації, в якій опинилося обновленчество. Затяті противники одноосібної влади і прихильники «соборного начала» змушені відтепер перейти самі до одноосібного управління. З ліквідацією Синоду відпав всякий осмислений привід для розколу. У Сибіру після арешту Петра Блінова обновленческой організація фактично розпалася.
Собор в ім'я святого благовірного Олександра Невського закрили в 1938 році за розпорядженням влади. Були зняті дзвони, хрести, знесена дзвіниця. У 1930-х роках робилися спроби підірвати його, але заряди руйнували тільки перегородки. Потужність зарядів збільшити не зважилися, так як по сусідству знаходилася будівля Запсібкрайісполкома, яке могло зруйнуватися.
За даними уповноваженого у справах Російської православної церкви при РНК СРСР по Новосибірській області, за 1931-1937 роки постановами Західно-Сибірського крайвиконкому було закрито 185 православних церков.
Визначення Святійшого Патріарха і Священного Синоду Руської Православної Церкви
про включення до Собору Новомучеників і сповідників Російських XX століття
для загальноцерковного шанування священномучеників
протоієрея Миколи Єрмолова (1874-1937)
і священика Інокентія Кікіна (1878-1937)
Ікона священномученика Миколая.
Ікона священномученика Інокентія.
Успенська церква. Митрополит Варфоломій (Городці) з духовенством і мирянами.
Олександро-Невський собор. Приміщення східній екседри. Втрати другого ярусу, завдані пристроєм вбудованих приміщень. Фото 1989 року.
Олександро-Невський собор. Південний фасад. Евакуаційний вихід з другого поверху, який порушив кладку
стіни. Фото 1989 року.
У 1971 році під час прокладання кабельної лінії робочі близько Олександро-Невського собору виявили склеп з останками будівельника храму Н. М. Тихомирова.
Олександро-Невський собор. Центральне приміщення. Втрата підлоги з керамічної плитки. Фото 1989 року.
Олександро-Невський собор. Центральне приміщення. Стан стін підвалин храму. Фото 1989 року.
Олександро-Невський собор. Південний фасад. Порушена кладка стіни.
Фото 1989 року.
Олександро-Невський собор. Західний фасад. Вікно-хрест над входом із закладкою цеглою вертикальних гілок хреста. Фото 1989 року.
У 1985 році будівлю храму передали Новосибірської філармонії. Планувалося переобладнати храм під концертний зал для камерного хору, і тільки після втручання громадськості міста будівельні роботи були зупинені.