Розрізняють три групи супутніх ускладнень.
1. Ускладнення, пов'язані безпосередньо з трансплантацією.
- хірургічні ушкодження, обумовлені оперативним втручанням або наркозом, часто становлять загрозу життю хворого;
- перенесення з трансплантатом захворювання (наприклад, вчасно не розпізнана пухлина); поразку ускладнюється тим, що призначення імуносупресантів послаблює імунну відповідь реципієнта і тим самим сприяє зростанню пухлини.
2. Ускладнення, пов'язані з імуносупресивної терапією. Особливу небезпеку становить поєднання імуносупресантів і кортикостероїдів, так як останні маскують прояви інфекції. Найбільш часто до летального результату призводить пневмонія. Хоча курс антибіотиків, як правило, необхідний, їх застосування може викликати порушення біологічної рівноваги в організмі хворого. Інший генез мають порушення функції легенів у реципієнта з трансплантатом нирки ( «трансплантаційний легке»). Цей стан розпізнають по дифузійної интерстициальной інфільтрації з блокадою альвеолярних капілярів. Зазвичай призначення високих доз імуносупресантів призводить до позитивних результатів. Припускають, що це аутоімунне розлад, обумовлене, по всій ймовірності, схожістю антигенів базальної мембрани нирки і тканини легені (синдром Гудпасчера). Значну роль у розвитку криза відторгнення грає вірусна інфекція (цитомегаловірус).
3. Ускладнення, зумовлені основним захворюванням реципієнта. Характерним прикладом може служити гломерулонефрит трансплантованою нирки внаслідок перенесення захворювання від нирки реципієнта (одностороння нефректомія). При обстеженні 17 хворих у 11 спостерігали загострення запального процесу після пересадки нирки. При цих ускладненнях зазвичай частіше виявляють вироблення антитіл до базальної мембрани, ніж при нефриті, обумовленому імунними комплексами, тому в таких випадках іммуносупрессанти призначають вже до трансплантації, а в період між двосторонньої нефректомії і пересадкою нирки проводять інтенсивний гемодіаліз.