Слідом за досхочу «побешкетувати» тут новгородськими авантюристами - «ушкуйнікамі» - Карельський берег Білого моря в XII-XIII століттях став освоюватися ченцями, які створювали монастирі, скити і пустелі. Бували на Соловецьких островах мисливці і рибалки розповіли про них 1429 року старця Саватія, який шукав усамітнення після смерті свого вчителя Кирила Білозерського.
Саватій згодом шанувався жителями монастиря як першовідкривач островів; місце, де він прожив 6 повних поневірянь років, носить його ім'я, але монастир створив не він. 1436 року на Соловках з'явився енергійний місцевий поморський житель Зосима, роздав бідним своє майно, який вирішив відректися від світу і зібрав навколо себе однодумців. Утворилася міцна релігійно-господарська громада, яка почала активно облаштовуватися на обраній ними землі. Характерна запис про це в древньої монастирської літописі: «Тружахуся постом і молитвами купно ж і ручним справою ...» Власне, це головний принцип поведінки остров'ян, що забезпечив в майбутньому славу і процвітання монастиря і всієї території островів.
Спочатку монастир отримував допомогу від Новгорода, на землях якого він стояв, а й після падіння Новгородської республіки великий князь Московський, зацікавлений в наявності на прикордонному півночі міцного господаря, місіонера і захисника, підтримував права соловецьких ченців на володіння островами.
До середини XVI століття Соловецький монастир був досить скромною обителлю з дерев'яними церковними, житловими і господарськими будівлями. Однак сильний дух його мешканців проявився незабаром. У 1548 році ігуменом став неабиякий і діяльний Філіп (в миру - боярин Федір Количёв). При ньому в монастирі починають будуватися величні кам'яні храми, великі господарські споруди, розвивається торгівля і власний флот. Прокладаються нові дороги, численні озера з'єднуються каналами, що покращує водопостачання і пересування на легких судах і човнах (ці канали діють і зараз). Для вирішення «продовольчої програми» створюються пасовища і обори на острові Велика Муксалма, а поблизу монастиря влаштовуються великі штучні ставки-садки для розведення і утримання морської риби. Літописець повідомляє: «... при Філіпа ігумені прибутку шти з маслом, та масляні Приспів різні млинці ...» Різні технічні нововведення полегшували ручна праця - «автоматична» подача зерна на сушку, розлив звареного квасу по бочках ... Розмах кам'яного будівництва зажадав створення цегляного заводу, а також добування коштів і запрошення майстрів, що і було з успіхом зроблено - енергійний Філіп не сидів затворником на Соловках, а їздив по Росії і налагоджував зв'язки з багатьма «корисними людьми».
Вісімнадцять років керував Пилип монастирем, перетворивши його за ці роки в один з найбільших на Півночі. У 1566 році Філіп був покликаний Іваном IV на місце митрополита Московського, а в 1569 році за його ж наказом був задушений Малютой Скуратовим в Твері, куди був засланий за протест проти свавілля опричників. Ім'я Філіпа в Соловецькому монастирі свято і увічнено неодноразово.
У другій половині XVI століття над Соловками нависла військова небезпека. Здивовані і роздратовані активністю соловецького торгового судноплавства шведи в самий розпал Лівонської війни посилають до російських берегів військові кораблі. Стурбовані соловецькі остров'яни починають зводити дерев'яну фортецю, замінений в 1582-1596 роках кам'яної. У фортеці з'являється військо з воєводою, покликане захищати берега Білого моря і монастир від нападу шведів.
До середини XVII століття монастир досягає розквіту, росте його політичне і моральне вплив не тільки на Півночі, а й в усій державі. Але саме в цей час, єдиний раз у своїй історії, монастир піддався страшному розгрому з численними кривавими жертвами. Так покарали його в кінці знаменитого восьмирічного «Соловецького сидіння» (1668-1676) царські війська за опір церковній реформі патріарха Никона (до речі, жив колись на Анзерського острові). При цьому взяти фортецю штурмом так і не вдалося - допоміг зрадник.
Турботи про облаштування монастиря тривали і в часи, близькі до наших. Характерна в цьому відношенні споруджена в 1912 році гідроелектростанція на самопливний каналі з Святого озера в Білому морі.
Продовжувалося б подальше облаштування островів, якби монастир залишився чинним? Хто знає. Але зате точно відомо, що з усіх привабливих якостей і особливостей архіпелагу і монастирських будівель більшовиків зацікавили тільки ті, які дозволили без особливих зайвих витрат влаштувати тут в'язницю.
Стіни монастиря і раніше використовувалися для ізоляції і покарання злочинців і єретиків. Але якщо за 400 попередніх років тут побувало трохи більше трьохсот в'язнів, то всього за 20 неповних років існування «Соловецького Табори (потім в'язниці) особливого призначення» (СЛОНа) їх було сотні тисяч, більшість з яких так і залишилися на Соловках в безіменних братських могилах ...
До кінця 1940-х років Соловецький архіпелаг втратив це своє призначення ...
У 1965 році в Соловецькому кремлі почалися реставраційні роботи. Сьогодні вже багато об'єктів взяли свій попередній вигляд, втрачений в першу половину XX століття; вивчається його історія, будується селище біля стін стародавнього монастиря, взяті під охорону держави все численні культові, господарські, житлові та інженерні споруди островів, їх унікальна природа.
Ризниця - багаті зібрання раритетів і предмет гордості монастиря. Серед найзнаменитіших колекцій давньоруського мистецтва ризниця стояла в перших рядах. Там зберігалися сервізи золотий і срібного посуду, позолочені чаші, блюда, кубки, ковші, потири, кадила, литі золоті і срібні хрести, дорогоцінні ковчеги, оклади євангелій і ікон, оздоблені карбуванням, гравіюванням, емаллю, фініфтю, перлами, черню, камінням. Скарби ризниці, описані в колишніх путівниках, вражають уяву. До числа найдавніших (опис 1514 г.) ставилися: різьблений хрест з мережевого ікла, дерев'яний потир Зосими, кам'яний дзвін, залізне клепали. Царі, патріархи, князі, вельможі в надії замолити свої проступки і гріхи щедро дарували гроші та речі. Особливо засипав обитель дарами Іван IV: годинник, хрести, хутра, дорогоцінні тканини, тисячу рублів і «чимало срібного посуду» (1557), один з позолочених срібних кубків важив більше восьми кілограмів. На його замовлення в майстернях Кремля виготовили (1562) для передачі Соловкам напрестольний золотий хрест во здравіє царевичів Івана і Федора.
Тисячу сто рублів «в поминання» закатованих новгородців надійшло в 1584 році. Серед подарунків царів Романових надходили церковний одяг, шиті з оксамити, парчі, оксамиту, атласу. Пожертвування і вклади текли з усією Русі, а поминання вкладників до ризниці і монастирську скарбницю відбувалося цілодобово в церкві Благовіщення. Багато предметів не мали релігійного призначення, зате представляли колосальну історичну цінність. Наприклад, два вкладу, передані (1 647) князем С. Прозоровським: шабля Пожарського і палаш Скопина-Шуйського, вставлені в срібло з золоченням, перлами, бірюзою. Шабля, мабуть, віддана за бажанням власника, що вшановує Соловецьку обитель. (Г. Богуславський повідомляє, що вона з 1850 року зберігається в Палаті зброї Кремля). Палаш, після загадкової смерті (1610) господаря, 28 років був у його брата і про те, хто передав його князеві, відомостей немає. Інші предмети ризниці, створені майстрами-умільцями, становили художню цінність. Це найтоншої роботи чаші, кубки, блюда, ціпки і серед них кухоль з кришкою, виконана (1 774) Холмогорським косторезов О. Х. Дудіна - «майбутніх пологів на подивилися». Майстер уміло поєднував тонку фактуру кістки з формою металевої кружки. Прикрасив її шістьма круглими медальйонами з портретами від Петра I до Катерини II серед химерних завитків з дрібними квіточками і наскрізний різьбленням. Залишок днів своїх він провів в Соловецькому монастирі. Помер (близько 1785 г.), залишивши там свою чудову бібліотеку.
Книги збирав ще його батько, і з ними був знайомий юний Ломоносов. Художник В. Верещагін, критично відгукнувшись про ченців після відвідування (1895) Соловків, про ризниці писав, що вона «дуже багата, багато дорогих, хорошої роботи, речей». Але шкодував, що серед дорогоцінних металів «немає виробів з дерева, якими Північ так багатий».
Анна Гіппіус, сестра знаменитої письменниці, всією душею віддана Російської православної церкви, перебуваючи в еміграції, писала: «Соловецький монастир володів не тільки великими багатствами, а й цінними рідкісними дарами. Дорогоцінними старовинними ковчегами, хрестами, іконами, митрами. Були ризи з оплечьями з перлів і дорогоцінного каміння. Особлива рідкість - риза білого полотна з оплечья з шовкової матерії, дана преосвященним Іоною архієпископом Новгородським преподобному Зосимі при поставлених його ігуменом. Риза св. Філіпа камчатной двумяной матерії з чорним, шітим золотом оплечья. Шабля Пожарського. Срібна гуртка соловецького старця Стефана, колишнього казанського царя Симеона Бекбулатовича. Невеликий задзвонив кам'яний дзвін, зроблений при преподобному Зосимі. А також багато цінних книг ».