Маніфестних інфекції можуть протікати типово, атипово або хронічно.
• Типова інфекція. Після потрапляння в організм інфекційний агент розмножується і викликає розвиток характерних патологічних процесів і клінічних проявів.
• Атипова інфекція. Збудник розмножується в організмі, але не викликає розвитку типових патологічних процесів, а клінічні прояви носять виражений, стертий характер. Атиповість інфекційного процесу може бути викликана зниженою вірулентністю збудника, активною протидією захисних факторів його патогенним потенцій, впливом проведеної антимікробної терапії та сукупністю зазначених факторів.
• Хронічна інфекція зазвичай розвивається після інфікування мікроорганізмами, здатними до тривалого персістірованію. У ряді випадків під впливом антимікробної терапії або під дією захисних механізмів бактерії перетворюються в L-форми. При цьому вони позбавляються клітинної стінки, а разом з нею і структур, які розпізнаються AT і службовців мішенями для багатьох антибіотиків. Інші бактерії здатні довго циркулювати в організмі, «йдучи» від дії зазначених факторів за рахунок антигенної мімікрії або зміни антигенної структури. Подібні ситуації відомі також какперсістірующіе інфекції [від лат. persisto, persistens, виживати, витримувати]. Після закінчення хіміотерапії L-форми можуть повертатися до вихідного (вірулентного) типу, а види, здатні до тривалого персістірованію, починають розмножуватися, що і викликає вторинне загострення, рецидив хвороби.
• Повільні інфекції. Сама назва відображає повільну (протягом багатьох місяців і років) динаміку інфекційного захворювання. Збудник (зазвичай вірус) проникає в організм і латентно присутня в клітинах. Під впливом різних факторів інфекційний агент починає розмножуватися (при цьому швидкість репродукції залишається невисокою), захворювання приймає клінічно виражену форму, тяжкість якої поступово посилюється, приводячи до загибелі пацієнта.
Різноманітні мікроби добре витримують вплив захисних факторів і колонізують нестерильні порожнини різних організмів. До тривалого виживання в складі мікробних спільнот здатні не тільки сапрофітіческій і умовно-патогенні (що формують нормальну мікрофлору), але і деякі паразитичні види.
• У ряді випадків розвиваються імунні реакції позбавляють збудник можливості повністю реалізувати свої патогенні властивості, але виявляються безсилими видалити його з організму. Таким шляхом формується бактеріоносійство.
• Патогенез ряду інфекційних хвороб в якості ведучого фактора включає тривалу циркуляцію збудника (наприклад, збудників сифілісу, туберкульозу, бруцельозу та ін.). Тривале виживання в організмі господаря багато в чому визначає здатність патогенів «йти» від дії захисних факторів (наприклад, за рахунок зміни антигенної структури або шляхом антигенної мімікрії).