Тому що при його спалюванні утворюється лише водяна пара, що не завдає жодної шкоди довкіллю. Але якщо при спалюванні водню розвивається висока температура, то одночасно будуть утворюватися дуже шкідливі оксиди азоту - з азоту і кисню, які в повітрі - так само, як вони утворюються в циліндрах бензинового двигуна, хоча ніякого азоту в бензині немає. На фотографії - автобус в Лондоні, на якому знак молекули водню і напис "Автобус на водні, нуль забруднюючих викидів". У цьому автобусі водень не спалюють, він живить паливні елементи, тобто окислюється при порівняно низькій температурі. Проблема вирішена для міста (якщо всі автомобілі і автобуси будуть в ньому на паливних елементах), але зовсім не вирішена для навколишнього середовища в інших місцях. Адже виробництво водню дуже енерговитратне. І якщо ця енергія виходить при спалюванні мазуту, вугілля і т.п. то при цьому виділяється багато шкідливих викидів. І загальний баланс для Земної кулі ще не відомо, який може вийти.
Водень вважається екологічно чистим паливом, тому що при згорянні не утворюється вуглекислого газу і чадного газу - тільки пари води і, як справедливо зазначив il63, оксиди азоту, до яких також потрібно додати інші нерівноважні і побічні продукти - озон, перекис водню, ціаністий водень і т.п.
Але якщо уважно подивитися, то виходить не так вже й райдужно. Щоб отримати водень, потрібно затратити електроенергію, причому в водні запасається рівно та, витрачена електроенергія, причому ККД цього процесу не такий великий, як хотілося б. І якщо порівнювати ланцюжок "паливо-ДВС" та "паливо-ТЕС-електроліз-ДВС", очевидно, що кількість перетворень енергії з втратами на кожному етапі значно більше, і навіть більший ККД водневого двигуна в порівнянні з бензиновим і більший ККД теплової електростанції по порівняно з двигуном внутрішнього згоряння не рятують ситуацію. Так що водневий автомобіль все одно спалює нафту і спалює її більше, ніж бензиновий.
Є і ще один момент - водень є найактивнішим озоноразрушітелем. І якщо класичні озоноразрушітелі - оксиди азоту і хлорфторвуглеці - насилу досягають стратосфери через великий молекулярної маси, а оксиди азоту ще й нестійкі - то водень туди надходить практично моментально. Таким чином, неминучі витоку водню вкрай небезпечні і при розширенні водневої енергетики ще покажуть себе.