У Москві говорили: «Государ не російською породи, і не царя Олексія Михайловича син». Однозначним доказом служило те, що цар уподобав німцям - значить і сам з їх числа. Сперечалися тільки про те, коли і хто підмінив монарха.
За «непристойні мови» сікли, катували, відправляли на каторгу і на заслання, але викорінити чутки не змогли.
Згідно з однією версією, хлопчика підмінили в дитинстві німці. «Мамки» царевича зазівалися, тут-то і виявився у них на руках замість Петра Олексійовича «Немчонок».
За іншою - дитини замінила сама цариця Наталія Кирилівна, побоюючись, що чоловік розлюбить її, якщо вона народить дівчинку. Нібито цариця поклала в колиску дитини з німецької слободи, а дочка комусь віддала. Про підміні Петро нібито дізнався від матері, коли вона вмирала.
Злі язики навіть знаходили «справжнього» батька Петра I, яким нібито був сподвижник царя-реформатора Франц-Лефорт. Саме цим пояснювали наближеність генерала до царя, його призначення адміралом, а потім - головою Великих Посольства.
За іншою версією, царя підмінили під час подорожі в Європу. Сталося це в Ризі, де справжнього Петра толі замурували в стіну, чи то «цар в німців в бочку закладами і в море пущений», а замість нього в Україну приїхав самозванець.
Була версія, що царя в темниці замучила шведська королева Христина, що підмінила Петра своєю людиною.
Стверджується, що Петро I, за спогадами сучасників, разюче змінився після повернення з Великого посольства. Як доказ підміни наводяться портрети царя до і після повернення з Європи. Стверджується, що на портреті Петра до поїздки в Європу у нього було подовжене обличчя, кучеряве волосся і велика бородавка під лівим оком. На портретах царя після повернення з Європи у нього було кругле обличчя, пряме волосся і була відсутня бородавка під лівим оком. Коли Петро I повернувся з Великого посольства, йому було 26 років, а на його портретах після повернення йому на вигляд було близько 40 років. Вважається, що цар до поїздки був міцної статури і вище середнього зросту, але все-таки не двометровим гігантом. Повернувшись на Батьківщину ж цар був худорлявий, мав дуже вузькими плечима, а його зростання, що встановлено абсолютно точно, становив 2 метри 4 сантиметри. Настільки високі люди були великою рідкістю в той час.
Крім того, є версія, яку поділяють ряд українських істориків, що Петро I загинув у 1691 році під час військових навчань через нещасного випадку. Нібито його оточення дуже злякалося втратити своє становище, тому пішли на підміну. Главою змови був князь Федір Ромодановський. За його наказом знайшли "заміну", який приїхав в Україну голландського кораблебудівника Яана Муша, який був нібито дуже схожий на царя. Україна фактично князь Ромодановський, прикриваючись іноземним самозванцем. Після його смерті, в 1717 році, нове оточення вирішило покінчити з єдиним спадкоємцем справжнього Петра - царевичем Олексієм, який втік до Священну Римську Імперію. Його виманили звідти в Україну, і незабаром він помер у в'язниці. Так, згідно з цією версією, перервалася династія Романових.
Старообрядці придумали свою версію, за якою на престол німці звели Антихриста, а справжній цар прийняв старообрядництво і переховувався в скитах.
Не відставали бояри і навіть іноземці, які відкрито говорили: «Цар - наш!». У 1691 році "за багато шалені слова» проти царя князь Голіцин був позбавлений боярства ». Його родичі - брати Степан і Олексій Собакиной - були позбавлені звань і відправлені на заслання.