Карелія має найбагатші природно-ландшафтними ресурсами для розвитку природного і екологічного туризму. Заповідників в Карелії два - "Ківач", що отримав назву по знаменитому водоспаду, і "Костомукшский". На їх територіях прокладені екологічні маршрути, є музеї природи, здійснюється науковий туризм.
Близько п'яти років існує природний парк "Валаамский архіпелаг". Тут є унікальні можливості для ознайомлення на порівняно коротких маршрутах з видатними пам'ятками природи, історії і культури. Природний і культурний туризм на Валаамі нероздільні.
заповідник Кивач
Ківач заповідник в Карелії, в басейні річки Суни, що впадає в Онезьке озеро. Заснований в 1931 році з метою охорони водоспаду Кивач - одного з найбільших в Європі (вода падає уступами з висоти 10,7 м). Площа заповідника понад 10 тисяч га, понад 8 тисяч га займають ліси, понад тисячу га - водойми, близько 400 га - болота, близько 350 га - луки. Рельєф території рівнинно-моренний, характерне чергування гряд (сельг), складених щільними кристалічними породами, з зниженнями, заповненими пухкими відкладеннями або водами озер.
На місці вирубаних хвойних лісів знаходяться осичняки і березняки, в долинах струмків і річок росте вільха. Тваринний світ багатий: 44 види ссавців, 185 видів птахів, 4 види плазунів, 4 види земноводних, 17 видів риб. Звичайні кріт, заєць-біляк, лісова куниця, білка, лось, європейська норка, лисиця, борсук, ондатра, миша-малютка, полівка звичайна.
З птахів: глухар, рябчик, бородата сова, трипалий дятел, перепел, сіра куріпка, деркач, боривітер звичайна, Козодой, дятли (сивий і білоспинний), іволга, сочевиця звичайна, вівчарик-пересмішки, славка Чорноголова. З водоплавних птахів регулярно гніздяться кряква, чирянка мала, гоголь, великий крохаль. Зустрічаються ведмідь, рись, вовк. З рептилій - ящірка живородна, веретеница, гадюка. З амфібій - жаби (трав'яна і остромордая), ропуха сіра, тритони (звичайний і гребінчастий). У заповіднику є музей природи і дендрологічний парк.
заповідник Костомукшский
Костомукшский заповідник розташований на північно-заході Карелії біля кордону з Фінляндією. Заснований в 1983 році, площа 47,6 тисяч гектарів. Костомукшский заповідник - частина російсько-фінляндського заповідника "Дружба". Рельєф рівнинно-моренний, характерне чергування гряд (сельг), складених щільними кристалічними породами, з зниженнями, заповненими пухкими відкладеннями або водами озер.
На території Костомукшского заповідника розташоване озеро Кам'яне (9.5 тис. Га), з якого витікає річка Кам'яна. Клімат помірно континентальний, з відносно м'якою зимою і прохолодним літом. Велика частина заповідника покрита легкоуязвімимі северотаежной сосновими лісами (70% площі заповідника). На місці вирубаних хвойних лісів знаходяться осичняки і березняки, в долинах струмків і річок росте вільха.
У заповіднику зареєстровано 397 видів вищих судинних рослин, 35 видів ссавців, 189 видів птахів (132 види гніздяться), 3 види земноводних, 1 вид рептилій. Звичайні заєць-біляк, бурий ведмідь, вовк, видра, росомаха, лисиця, північний олень. У заповідники гніздяться рідкісні птахи, занесені до Червоної книги: орлан-білохвіст, скопа, сапсан.