Історія військово-лікарської експертизи в стінах Військово-медичної академії сягає в далеке минуле. З часів утворення академії її провідні співробітники чимало часу приділяли у своїй практичній і науковій роботі рішенням експертних питань. Перше дослідження в Росії, присвячене лікарську експертизу рекрутів, видано в 1801 році під назвою «Нарис лікарського огляду рекрутів, удаваних і приховувались недуг і їх виявлення» і стало, по суті, першим посібником з лікарсько-експертної роботи в Росії. Через 5 років в 1806 році видав перший Повчання з розкладом хвороб.
Значною подією в розвитку Вітчизняної військової медицини і військово-лікарської експертизи з'явилася класифікація всіх хвороб, що зустрічаються в військах, запропонована професором Медико-хірургічної академії Я.В.Вілліе в 1806р. Військові лікарі Росії користувалися цією класифікацією при відборі рекрутів протягом багатьох наступних років.
Головами комісії в госпіталях того часу були начальники госпіталів. Так, в XIX столітті в Санкт-Петербурзькому клінічному військовому госпіталі головою комісії був начальник медико-хірургічної академії, членами: головний лікар госпіталю, професор судової медицини при медико-хірургічної академії і асистент судово-медичного відділення цього госпіталю.
Після революції в роки громадянської війни, Великої Вітчизняної війни Військово-медична академія, здійснюючи лікування поранених і хворих бійців і офіцерів Червоної армії, незмінно займалася вирішенням експертних питань. У лад було повернуто багато тисяч боєздатних бійців і командирів. У той же час до кінця XX століття Військово-лікарська комісія в академії була нештатної, голови комісії призначалися з осіб керівного складу клінік щорічними наказами начальника академії.