Походження цього озера відносять до Льодовикового періоду. Приблизно 25 тисяч років тому, кінець четвертої льодовикової епохи ... Останній льодовик, відступаючи, нагромадив пагорби Валдайській височині, талі води затопили поглиблення і западини. Так, можна сказати, був народжений Селігер.
Як і багато озер і річок цього краю Селігер, швидше за все, отримав свою назву від фінського слова «selhea», що означає «чистий, прозорий». Як видно воно співзвучне з назвою озера.
На озері багато островів - близько 160. Найбільший острів - Хачін з тринадцятьма внутрішніми озерами. Є і зовсім маленькі острівці, ледь досягають в діаметрі 10 метрів. У народі їх називають «всплишкамі». Цікаво буде розповісти одну старовинну легенду. Давним-давно жили два брата - Ільмень-озеро і Селігер-озеро, і була у них улюблена сестра Волга-ріка. Одного разу Волга попросила своїх братів проводити її до моря Каспію. Домовилися брати йти тільки вдень. Але якось вночі прокинувся Ільмень і побачив, що Волга і Селігер пішли від нього потайки. Розгнівався тоді Ільмень і вигукнув: «О, невірний брат Селігер! Нехай на твоїй спині виросте сто горбів! »За порушення священної клятви, боги послали Селігер своє прокляття. Ось тому, як кажуть старі жителі краю, у Селігеру стільки горбів-островів.
Довжина берегової лінії Селігеру досягає 590 кілометрів, а площа водної поверхні майже 260 кв.км. Селігер складається з великих і малих плес, які в свою чергу з'єднуються протоками. Дрібні і короткі протоки називаються межтокамі, а широкі і глибокі - річками. Всього їх в цілому близько 23. Дно озера піщане, найбільша глибина 30 метрів; багато мілин, чому плавають на ньому в основному невеликі судна і човни.