У 1918 р професором К.С. Агаджанянцом в складі університету була створена клініка нервових і душевних хвороб. Їм же в 1920 р було засновано Ростовське наукове товариство неврологів і психіатрів. У тому ж році клініку очолив професор А.І. Ющенко.
У травні 1924 р із загальної клініки як самостійний підрозділ надали клініку нервових хвороб, якою керував доктор медицини П.І. Емдін.
З 1925 р в клініці функціонує нейрохірургічна операційна - перша на Півдні Росії, третя в СРСР після Москви та Санкт-Петербурга. У 1934 р відділення П.І. Емдін отримало назву клініки нейрохірургії та нервових хвороб.
У 1952 р клініку і кафедру очолив професор В. А. Нікольський. З 1960 р керівництво клінікою та кафедрою було розділено: завідування клінікою перейшло до С.М. Бабіяну, а професор В.А. Нікольський продовжував очолювати кафедру нейрохірургії та нервових хвороб. Надалі (з 1982 р) клінікою завідували П.П. Луценко, Р.К. Должіч, С.Н. Євтушик.
Дружним і злагодженим колективом відділення на високому рівні здійснюється допомога пацієнтам з пухлинами центральної нервової системи, аномаліями розвитку ЦНС; судинними, запальними та демієлінізуючими захворюваннями нервової системи; епілепсію; дегенеративними ураженнями хребта; наслідками травматичного ураження і спадковими хворобами нервової системи. За рік проводиться до 300 високотехнологічних нейрохірургічних операцій. Створені сприятливі умови для одужання пацієнтів і роботи медичного персоналу.
У перспективі розвитку відділення - освоєння нових сучасних методик: ендовазальной хірургія, вертебропластика; подальше вдосконалення ендоскопічної та малоінвазивної нейрохірургії, широке впровадження нейрореабілітації.