Інститут народився у важкі для радянської біології роки, коли біологія була розтоптана «Мічурінці», банду яких очолював сумнозвісний фаворит Сталіна Трохим Лисенко. В цей час теоретична біологія була в загоні, і орієнтація робилася тільки на прикладні дослідження.
Першим директором став відомий фахівець в області агрономічної науки к.с.-г.н. Шакір Ахметдіновіч Гайсин (1951-1956 рр.). Початковими структурними одиницями були затверджені сектори: ботаніки; зоології; сільськогосподарської біології та ґрунтознавства; ліси.
У 1952 р до складу Інституту з системи Міністерства СХ БАССР переданий Ботанічний сад. В Інституті були затверджені основні наукові напрямки:
- фізіологічні, біохімічні та біофізичні дослідження природи стійкості та продуктивності рослин;
- вивчення ґрунтів, флори і фауни Башкирії, розробка теоретичних основ і практичних прийомів по їх раціональному використанню та охороні;
- розробка наукових основ хімізації сільського господарства.
У ці роки дослідження виконувалися переважно маршрутно-експедиційними і лабораторно-польовими методами, і вони будувалися з розрахунком видачі результатів протягом 2-х років, а напрямок досліджень носило агробіологічний характер.
У 1955 р нове академічне підрозділ було перейменовано в Біологічний інститут. Сучасна назва - «Інститут біології» - Інститут носить з 1957 р
У 1957-1961 рр. директором Інституту був д.б.н. професор Василь Григорович Конарев. У ці роки Лисенко починає втрачати силу, і біологія, що називається, піднімає голову. У 1959 р було створено Відділення загальної біології, яке очолив член-кор. АН СРСР Б.Е.Биховскій.
Зміна загального клімату в біологічній науці стало стимулом для розвитку теоретичних досліджень в Інституті. Активізуються дослідження з академічних проблем: біохімія і фізіологія життєвих функцій рослин, генезис грунтів, залучення в культуру корисних рослин з дикоростучої флори, фізіологічна сутність токсичної дії пестицидів, фізіолого-біохімічна діагностика ентомоустойчівості насаджень.
Удосконалення тематики зажадало нових змін в структурі Інституту, і з 1957 р почали функціонувати: сектор фізіології рослин з лабораторіями фізіології рослин і біофізики; сектор біохімії і гистохимии рослин з лабораторіями біохімії і гистохимии (надалі лабораторія нуклеинового обміну); сектор ботаніки з лабораторіями деревних і чагарникових рослин; флори і рослинних ресурсів; гербарій; експериментальне господарство Ботанічного саду; сектор зоології з лабораторіями зоології та лісової ентомології; сектор ґрунтознавства з лабораторіями хімії та фізики грунтів, грунтової мікробіології.
Внаслідок нераціональності такої структури в кінці 1961 р сектори були перетворені в лабораторії, а лабораторія нуклеинового обміну - в Відділ біохімії та цитохімії. В цілому структура Інституту прийняла схему: відділ біохімії і цитохімії рослин; лабораторії лісознавства і дендрології, фізіології рослин по гербіцидів, стійкості і живлення рослин, фізіології деревних рослин, ботаніки з Ботанічним садом, зоології, грунтознавства.
У ці роки Інститут випробував наслідки політики непродуманих реорганізацій, яку проводив М. С. Хрущов. В результаті реорганізації системи АН СРСР в 1963 р Башкирська філія АН СРСР був скасований, а Інститут біології переданий до складу Башкирського державного університету Міністерства вищої і середньої спеціальної освіти Української РСР. У 1964 р Відділ біохімії та цитохімії був підпорядкований безпосередньо ректору університету, а в 1965 р - включений в його структуру на чолі з засновником Відділу д.б.н. В.Г.Конаревим.
Входження до складу університету сприяло зміцненню наукових і творчих позицій, підвищенню рівня освітнього процесу, підготовки і кваліфікації педагогічних і наукових кадрів. У той же час результати реструктуризації Академії наук мали негативні наслідки, пов'язані з відсутністю єдиного координуючого центру. Університетський період діяльності тривав до кінця 1967 р коли Інститут біології Башкирського державного університету був переданий в систему відновленого Башкирського філії АН СРСР. У поверненні Інституту в академічну структуру велику роль зіграв В.К.Гірфанов як депутат Верховної ради СРСР 7-го скликання.
У 1967 р Інститут мав наступну структуру: лабораторія фізіології стійкості і живлення рослин; лабораторія фізіології деревних рослин; лабораторія фізіології рослин по гербіцидів; лабораторія грунтознавства; лабораторія зоології; лабораторія ботаніки; Ботанічний сад.
Удосконалення структури Інституту тривало і в наступні роки: були організовані лабораторії - лісознавства, геоботаніки, гельмінтології; їх організаторами були провідні вчені та викладачі ВНЗ Ю.З.Кулагін (БДУ), Б.М.Міркін (БДУ), Х.В.Аюпов (БСХІ). Відбулися й інші перетворення: організовані лабораторії фізики та ерозії ґрунтів, лабораторія фізіології зимостійкості озимих культур.
У 1975-1976 рр. з метою посилення координації наукових досліджень та з урахуванням нових лабораторій структура Інституту була переглянута і придбала такий вигляд: відділ фізіології і біохімії рослин з лабораторіями фізіології стійкості і живлення рослин, фізіології зимостійкості озимих культур; відділ ґрунтознавства з лабораторіями біохімії грунтів, фізики та ерозії ґрунтів, тематичними групами: мікробіології грунтів, грунтової зоології; відділ ботаніки з лабораторіями рослинних ресурсів, геоботаніки, а також лабораторії лісознавства, зоології та гельмінтології, Ботанічний сад. Така ступінчаста структура функціонувала до 1980 р хоча лабораторія зоології (гельмінтології) була скасована в 1977 р
У 1981 р директором Інституту був призначений завідувач Відділом біохімії і цитохімії д.б.н. Радик Рахімьяновіч Ахметов (до призначення Р.Р.Ахметова обов'язки директора тимчасово виконував вчений секретар к.с.-г.н. Д.Д.Міндіяров). У штат Інституту була переведена очолювана Р.Р.Ахметовим лабораторія цитофізіології рослин. В цей же період лабораторія біохімії ґрунтів і лабораторія фізики і ерозії грунтів об'єднані в лабораторію ґрунтознавства на чолі з к.б.н. Ф.Х.Хазіевим.
Були намічені нові завдання з досліджень:
- фізіолого-біохімічних основ формування врожаю провідних с.-г. культур;
- наукових основ хімізації сільського господарства;
- структури і експресії геномів в зв'язку з питаннями гетерозису і гомеостазу;
- наукових основ раціонального використання ґрунтів, рослинних ресурсів та їх відтворення.
У 1984-1985 рр. були проведені нові зміни в структурі Інституту: тематична група мікробіології грунтів перетворена в лабораторію; організована лабораторія фізіологічних основ застосування пестицидів (лабораторія гербіцидів); лабораторія зимостійкості озимих культур приєднана до лабораторії фізіології стійкості і живлення рослин; лабораторія цитофізіології рослин була повернута до Відділу біохімії і цитохімії Башкирського філії АН СРСР.
У 1985 р директор Інституту біології д.б.н. Р.Р.Ахметов перейшов на роботу в Башкирська державний університет і виконання обов'язків директора було покладено на його заступника з наукової роботи д.б.н. Ф.Х.Хазіева.
На початку 1986 р штат Інституту прийнята з Відділу біохімії і цитохімії Башкирського філії АН СРСР лабораторію математичної і молекулярної генетики на чолі з її організатором і керівником к.б.н. Рустемом Нуровічем Чураєвим. В цей же час Р.Н.Чураев був призначений виконуючим обов'язки директора Інституту біології. Сталося нове упорядкування структури: група фізіологів переведена в Відділ біохімії та цитохімії; лабораторія мікробіології грунтів приєднана до лабораторії математичної і молекулярної генетики; біотехнологічна група цієї лабораторії включена до складу лабораторії фізіології рослин.
У 1988 р на базі групи мікробіології математичної і молекулярної генетики та групи біотехнології імунітету рослин Відділу біохімії і цитохімії організована лабораторія прикладної мікробіології; Ботанічний сад виділений в самостійну одиницю Інституту, до складу Інституту передана лабораторія генетики та морфогенезу лісових деревних рослин Відділу біохімії і цитохімії БНЦ УрО АН СРСР на чолі з д.б.н. Н.В.Старовой, яка очолювала Ботанічний сад з обов'язками заступника директора з наукової роботи Інституту біології. У Ботанічному саду були організовані лабораторії популяційної генетики, інтродукції рослин, біотехнології. Лабораторії геоботаніки і рослинних ресурсів об'єднані в одну лабораторію.
Комісія Відділення біологічних наук РАН по планової комплексної перевірки діяльності Інституту на чолі з академіком В.Н.Большаковим схвалила наукову і науково-організаційну діяльність Інституту.
Основні напрямки наукових досліджень в цей період:
- вивчення генетико-цитологічних і фізіологічних основ процесів регуляції життєдіяльності на молекулярному клітинному, організмовому і популяційному рівнях;
- вивчення природних ресурсів (грунтових, рослинних і лісових) з метою розробки та вдосконалення прийомів їх раціонального використання, охорони та відтворення;
- розробка методами прикладної мікробіології, клітинної та генетичної інженерії біотехнологій отримання продуцентів препаратів для медицини і сільського господарства, а також вихідного матеріалу для селекції злакових культур.
Були затверджені основні наукові напрямки:
- виявлення механізмів управління біологічними процесами на молекулярному, надмолекулярному, клітинному, організмовому і популяційному рівнях;
- розробка біотехнологій отримання препаратів для сільського господарства і медицини, а також вихідного матеріалу для селекції злакових культур;
- вивчення сталого розвитку екосистем в плані оптимального використання біологічних ресурсів з метою збереження біологічного різноманіття.
Наукові напрямки Інституту повністю відповідають середньостроковим і довгостроковим пріоритетних напрямів розвитку науки, технологій і техніки, затвердженим Президією РАН. Ці напрямки на найближчі роки такі:
- динаміка екосистем в умовах антропогенного впливу і оптимізація їх функціонування;
- розробка концептуальних і методологічних основ охорони біорізноманіття та невиснажливого ресурсокористування на рівні популяцій, видів і рослинних угруповань (на прикладі Південно-Уральського регіону);
- адаптивні реакції і формування стійкості рослин в різних умовах зовнішнього середовища: особливості ростових процесів і водного режиму;
- реалізація онтогенетических програм в теоретичних і експериментальних модельних системах in vivo, in vitro і in silico.
При Інституті діє аспірантура, що здійснює послевузовскую підготовку з 7 спеціальностей: екологія, біотехнологія, ботаніка, фізіологія і біохімія рослин, мікробіологія, грунтознавство, генетика.
Співробітники проводять активні дослідження за грантами РФФД, РФФД-Агідель, ФЦНТП «Інтеграція науки і вищої освіти», Програмами фундаментальних досліджень Президії РАН, ДНТП АН РБ.
В Інституті виникли, живуть і розвиваються відомі наукові школи, серед яких в першу чергу слід відзначити школу ґрунтознавців д.с.-г.н. С.Н.Тайчінова, д.с.-г.н. М.Н.Бурангуловой, чл.-кор. АН РБ д.б.н. Ф.Х.Хазіева, школу фітоценологія чл.-кор. АН РБ, д.б.н. Б.М.Міркіна, школу фізіологів рослин д.б.н. В.К.Трапезнікова і д.б.н. Г.Р.Кудояровой. Динамічно розвиваються школа мікробіологів д.б.н. А.І.Мелентьева і школа екологів-лісознавців д.б.н. Ю.З.Кулагіна, керована в даний час його сином д.б.н. А.Ю.Кулагіним. Набирають силу такі напрямки теоретичних і експериментальних досліджень, як математична і молекулярна генетика (д.б.н. Р.Н.Чураев), ембріологія і біотехнологія рослин (д.б.н. Н.Н.Круглова), екологія рослинних ресурсів ( д.б.н. Н.І.Федоров), генетика мікроорганізмів (к.б.н. Т.В.Маркушева).
Формування академічної біологічної науки сприяло зміцненню викладацьких кадрів вищої школи. У ВУЗах республіки викладають десятки професорів і доцентів, керують кафедрами професора Р.Р.Ахметов, І.Ю.Усманов, І.К.Хабіров, які почали свій науковий шлях в Інституті біології.
Відрадно, що останнім часом робота в області біології стала приваблива для молоді, яка активно включається в наукові дослідження. Міцніють контакти Інституту з провідними вищими навчальними закладами Уфи, організовуються спільні навчально-наукові центри та кафедри. Кращі дипломники поповнюють ряди аспірантів, а потім і наукових співробітників Інституту. Молоді співробітники Інституту беруть участь в конкурсах і виграють гранти за програмами Президії РАН «Підтримка молодих вчених».
Підводячи підсумки, можна з упевненістю сказати, що Інститут, незважаючи на всі пертурбації, які відбулися за 55 років, зберігає своє обличчя і сміливо дивиться в майбутнє!