Початок ХХІ століття ознаменувався для Ямахи R1 цілою низкою модифікацій (кількість яких склала понад 150), спрямованих на те, щоб зробити цю модель придатної не тільки для руху в міських умовах, але і для комфортного подолання тисяч кілометрів. Для цього японці оновили сидіння, пом'якшили кут підйому бака, таким чином покращивши ваговій баланс для здійснення крутих поворотів і більшої стабільності. Зміни зовнішнього вигляду надали байку більшої оригінальності - фари стали більш різко окреслені, бічні панелі навпаки більш гладкими, змінилася форма вітрового скла для кращої вітрозахисту водія. І найголовніше - моделі цього покоління останні, використовують карбюраторний двигун, в наступних же використовують системи упорскування палива. Крім цього, з метою поліпшення технічних характеристик в Yamaha R1 з'являться радіальні гальма, система інерційного наддуву, амортизатор керма.
Моделі YZF-R1 останніх років технічно схожі між собою. Обсяг бензобака все так же складає 18 літрів. Двигун все той же потужний 4-х циліндровий «рядник» на 998 см3, з діаметром циліндрів в 78 мм, ходом поршня в 52,2 мм, високим ступенем стиснення (12,7), що забезпечує апарату 182 кінських сили при 12 \ ' 500 об. / хв. Лінійний крутний момент все так же забезпечений хрестоподібним колінчастим валом, який відповідає за асиметричність інтервалу запалювання. Максимум крутного моменту становить 115,5 Нм при 10 \ '000 об. / Хв.
Мотоцикл має шестірежімную систему для регулювання тягового зусилля (TCS). Таким чином, функції регулювання дросельного клапана, обсягу уприскування палива і часу запалювання в разі пробуксовки заднього колеса дають можливість поліпшення рівня тягового зусилля для безпроблемного проходження будь-яких поворотів, незалежно від погодних умов.
Для ідеального балансу жорсткості в YZF-R1 використовується компактна трикутна рама короткою колісною основи, що складається з алюмінієвих частин різних типів лиття (кокільне, лиття під тиском, гаряче пресування). Така складна конструкція забезпечує водієві повну віддачу під час їзди.
Покращений аеродинамічний обтічник має нову конструкцію, носовий обтічник якої злегка піднятий, що значно покращує показники даної моделі. Байк має трохи агресивний вид за рахунок специфічного дизайну фар і габаритних ліхтарів зі світлодіодами і светоотражающим покриттям.
Передня вилка байка має діаметр 43 мм і незалежне регулювання правого і лівого амортизаторів. У регульованого заднього амортизатора є режими швидкого і повільного стиснення.