Субклінічні форми папіломавірусу, інакше звані ендофітними кондиломами (не підносяться над поверхнею епітелію), являють собою такий перебіг папіломавірусної інфекції, при якій освіти не видно неозброєним оком і визначаються тільки за допомогою спеціальних методів дослідження, причому абсолютно точно діагноз може бути поставлений тільки після проведення гістологічного дослідження.
До субклиническим формам відносять плоску кондилому, малі форми, інвертовані кондиломи і конділоматозного цервіцит і кольпіт.
Для цих клінічних різновидів характерні загальні морфологічні критерії: койлоцитоз (поява балоннірующіх клітин зі збільшеними ядрами). Часто уражені ВПЛ епітеліальні клітини містять глікоген, що призводить до того, що утворення йодпозітівни. Це створює певні складнощі в діагностиці при проведенні кольпоскопії. Абсолютно точних критеріїв кольпоскопической картини немає, тому такий діагноз слід запідозрити в разі, якщо є ознаки ненормального будови вогнища епітеліальних клітин. У той же час слід пам'ятати про деяке суб'єктивізмі при проведенні кольпоскопії. Виправданою в такому випадку є біопсія підозрілих ділянок з морфологічним дослідженням.
Рідкісними проявами субклінічного перебігу ПВІ є конділоматозного цервіцит і кольпіт. Даний стан характеризується уповільненим запальним процесом, при якому виключені всі інші можливі ознаки, які могли привести до цього запалення. При кольпоскопії звертає на себе увагу дифузний характер ураження, може бути наявність білястих вогнищ після обробки розчином оцту.
Діагноз «інвертована кондилома» (яка розташовується в криптах слизової оболонки піхви і цервікального каналу), може бути запідозрений у випадках наявності потовщеною, гіпетрофірованной шийки матки.