Такі речовини називають протоалкалоідамі. щоб підкреслити їх відмінність від «справжніх» алкалоїдів, але відзначити їх початково алкалоїдний характер. У велике гетерогенне сімейство алкалоїдів входять також речовини, які, по суті, не мають з ними нічого спільного, так як утворюються зовсім іншими шляхами, наприклад, стероїдні алкалоїди (вони містяться, зокрема, в картоплі). Їх алкалоїдний характер швидше випадковий. Тому їх називають псевдоалкалоідамі.
Назва «алкалоїд» для позначення «лужних рослинних речовин», або діючих почав з отруйних або цілющих рослин, ввів Фрідріх Вільгельм Мейснер, аптекар з Галле. Справді, алкалоїди містяться і в болиголова, і в ряді пасльонових - в блекоті-степові (Atropa belladonna), дурмані (Datura stramonium), в чорній блекоті (Hyoscymus niger) і в багатьох інших отруйних рослинах. Отрута може служити ліками, а ліки в надмірно великих дозах стає отрутою. Цінними лікувальними засобами є хінін, що отримується з кори перуанського хінного дерева Cinchona Jedgeria та інших видів Cinchona, морфін (основна діюча речовина маку снотворного, Papaver somniferum), який діє як болезаспокійливий, але в, той же час може виявитися небезпечним наркотиком, а також алкалоїди ріжків, близькі за будовою до сильного синтетичному наркотику ЛСД (діетиламід лізергінової кислоти).
В середні віки алкалоїди ріжків нерідко виявлялися причиною трагічних подій, так як зустрічалися випадки масових отруєнь при попаданні ріжків в борошно. Ріжки, звана також «маткові ріжки», являє собою зимуючу форму (переживає міцелій) гриба Claviceps purpurea, що належить до сумчастих грибів, або аськоміцетов. Цей гриб паразитує на рослинах жита і дикорослих злаків. Зимуючий міцелій гриба утворює склероції, злегка скручені у вигляді ріжків фіолетово-чорні освіти, які висовуються з колосків жита. При сильному ураженні ріжків житнє поле виглядає немов спаленим. Склероції ріжків містять набір різних алкалоїдів, що представляють собою Похідні індолу. Серед них менший інтерес представляють до лавини. Велике значення для медицини мають пептидні алкалоїди, що складаються з лізергінової кислоти (яка входить і до складу ЛСД) і амінокислот, пов'язаних пептидного зв'язком.