Ендометрій - слизова оболонка, яка перебуває всередині порожнини матки. Він складається з двох шарів: функціонального і базального. Функціональний шар відторгається щомісяця під час місячних. потім він відновлюється з базального шару. Виділення під час менструціі представляють собою суміш фрагментів крові і ендометрія. Велика їх частина виходить назовні через піхву, а інша частина надходить по маткових трубах в черевну порожнину. Якщо організм здоровий, там вони знищуються особливими захисними клітинами.
Однак так відбувається не завжди. Деякі фрагменти отторгнувшегося ендометрія можуть прикріплятися до тканин і імплантуватися в них. Після цього вони починають розвиватися, з'являється вогнище ендометріозу. Частинки слизової оболонки можуть приживатися в різних ділянках організму, проте найбільш часто виявляють ендометріоз очеревини. Під дією гормонів яєчників вогнища патології збільшуються в розмірах, а потім їх частина відривається. При цьому разом з основною менструацією відбувається безліч мініатюрних відторгнень ендометрія в черевній порожнині. Оскільки очеревина добре інервується, подібні процеси супроводжуються болем. Даний симптом є основним при ендометріозі.
Ця теорія розвитку захворювання називається «имплантационной». Існують і інші теорії про появу ендометріозу. Наприклад, є гіпотеза, що він може формуватися через перетворення клітин очеревини в клітини ендометрія внаслідок генетичної схильності, в результаті дії гормонів, порушень імунологічного характеру. Вогнища ендометріозу можуть виявлятися не тільки в області очеревини, а й в інших тканинах і органах. Передбачається, що фрагменти слизової можуть поширитися по організму з потоком крові і лімфи, а також потрапити в рани під час оперативного втручання.
З урахуванням локалізації вогнищ розрізняють зовнішній ендометріоз тазової очеревини, широких зв'язок матки, труб яєчників, позадіматочного простору. Зустрічається також внутрішній ендометріоз тіла матки і екстрагенітальний - з ураженням сечового міхура, кишечника, легенів, інших органів. Прижилися фрагменти ендометрія можуть бути різного розміру, форми або кольору. Найчастіше вогнища захворювання є невеликими чорними, червоними, коричневими, жовтими, ущільненнями, розсіяними по очеревині. Іноді відбувається злиття вогнищ ендометріозу, з'являється інфільтрація тканин.