Спочатку прапор використовувався тільки на морі як військовими, так і торговими кораблями обох країн. 5 травня 1634 року його було наказано використовувати тільки військовим судам як гюйса (звідси і його повсякденне найменування "Юніон Джек" - Jacks по-англійськи носової прапор військового судна), в той час як торгові кораблі повинні були піднімати прапори святого Георга (англійські) або святого Андрія (шотландські). При цьому наземні частини продовжували використовувати прапори своїх країн.
У Шотландії мав деяке поширення національний варіант прапора, в якому білий хрест святого Андрія розташовувався вище
Після прийняття в 1707 році Акту про Унію, який об'єднав обидва королівства в єдине Королівство Великобританії, об'єднаний прапор став прапором нової держави.
У 1801 році з прийняттям Акту про об'єднання Великобританії і Ірландії було утворено Сполучене королівство Великобританії та Ірландії. До прапора, що існував раніше, був доданий символ Ірландії - хрест святого Патріка. При цьому білий шотландський та червоний ірландський хрест перетинаються певним чином. У такому вигляді прапор Великобританії і дійшов до наших днів. Синій колір сучасного шотландського прапора світліше синього кольору, використовуваного в «Юніон Джека».
Варто відзначити, що в Уельсі періодично лунають заклики помістити на прапор червоного дракона, національний символ Уельсу, щоб уникнути «дискримінації» цієї частини Сполученого Королівства.