Селяни громади мали таку самостійність і права, які не завжди були у багатих землевласників.
Починаючи з Івана III уряд стало мало-помалу забирати землі і роздавати їх своїм служивим людям, до землі стосунку не мали. Громадські землі з рук селян стали вислизати.
Після створення Московської держави велика частина землі була роздана або відібрана на казенний оброк (війни вимагали грошей).
Селяни тікали на околиці Русі, йшли на Північ, в скити. Найбільш сильні духом бігли на Дон і Волгу.
На Дону швидкі кріпосні з'являються після «Азовського сидіння» - пристаючи до зимовищу станицях. Козаки не видавали їх. Але на Дону збіглим не дозволяли займатися землеробством, а тільки ремеслами (вичинка шкір, зміцнення містечок, ковальська справа та ін.). Козаками ставали не все.
В кінці XVII століття і початку XVIII на Дон пішли малоросійські черкаси через утиски з боку збагатилася козацької старшини - великих землевласників, особливо «в гетьманщину».
До кінця XVII століття приплив втікачів, особливо на Верхній Дон, посилився до того, що став турбувати Головне військо, так як стало розвиватися землеробство, яке в Війську вважали перешкодою в військовій справі.
Традиція була така сильна, що в 1690 році туди було послано грамота від Війська - «а якщо стануть орати і того бити до смерті і грабувати». Цей захід відразу скоротила приплив землеробського елементу, багато хто повернувся в Росію.
Старообрядництва між тим набирало силу і вплив, особливо на Верхньому Дону, і, кажучи проти нової віри, про єресі царя і патріарха, вільно чи мимоволі агітували проти Москви. Запахло «разінщіни».
Отаман Фрол Мінаєв був у відчаї. Між тим більш половини Круга співчувало козакам, противникам Москви. В цей час на Дон потрапляє підроблена «царська грамота» з проханням царя йти до нього на допомогу - «бояри не слухають». Це вже була провокація.
Обстановка загострювалася. Щоб взяти остаточний перевагу, Коло призначив Мінаєва отаманом Зимовой станиці, а на його місце обрали противника Москви Лаврентьєва. У Черкасск з Манич викликали побіжного священика Самойлу, і він повів службу «по-старому», за старовинними книгами, при цьому на великому виході не згадувалися цар і патріарх. На Кругу ж перед цим провели рішення служити за старовинними книгами, але «Великим государям служити як і раніше і щоб надалі по всьому Дону було тихо».
З Москви Мінаєв повернувся з царською грамотою, де донцам пропонувалося «йти воювати Крим» з російською армією (Крим залишався головним болем Росії з часів Золотої Орди). Коло «засудив похід», а похідним отаманом обрали Мінаєва, і він повів козачі полки в похід. Господарями Дона залишилися Лаврентьєв і поп Самійла зі своїми прихильниками.
Релігійна ворожнеча з Москвою була досягнута, козакам вселяли, що давнє благочестя несумісне з підданство Москві. Невдалий похід на Крим посилив справу. На Хопрі і Ведмедиці під впливом вчення старообрядців в особі Кузьми Косого козаки взагалі вийшли з-під контролю Війська. Кузьма запевняв, що в горах на Ведмедиці знаходиться «справжній цар Михайло - він очистить землю від неслухняних і невірних і поверне Русі давнє благочестя». Отаман Лаврентьєв наказав доставити Кузьму в Черкасск, той з'явився, почалися переговори (Кузьма, отаман Лаврентьєв і Самійла).
Серед козаків почалися «розбірки», які доходили до бійок і вбивств. Після невдалого кримського походу на Дон повернувся Фрол Мінаєв з козаками. Ознайомившись з обстановкою, він зажадав екстреного збору Круга, де почалася боротьба між прихильниками і противниками Москви. Переміг Мінаєв. Кузьму закували в ланцюги і відправили в Москву. «Кузьминці» розбіглися.
Новообраний отаманом Війська Мінаєв зажадав від Круга рішення видати Москві попа Самойлу і знову присягнути всім козакам на вірність Москві.
Але Москва зажадала видати отамана Лаврентьєва і його сподвижників. Коло збирався п'ять разів, п'ять разів Фрол клав комахам, його повертали. Коло вирував п'ять днів тому, що козаки не могли порушити свою заповідь «З Дону видачі немає!», Крім того, багато хто з них співчували козакам - противникам Москви. Справа була не стільки в нових канонах віри, скільки в тому, що козаки не бажали поступатися тиску Москви.
Противники Москви таємно готувалися до весняного походу на Волгу «погуляти» але Мінаєв таємницею депешей повідомив в тому Москву і видав списки всіх супротивників Москви, в тому числі отамана Зимовой станиці Кирея Матвєєва. Всіх взяли.
На Дон прийшла грізна грамота царя з вимогою вьщачі всіх «злодіїв» (бунтівників), в іншому випадку на Дон будуть введені війська. Зібрався терміновий Коло з козаків прилеглих станиць. За вироком Круга керівників заколоту взяли і відправили в Москву.
З козаками на Куму пішли і старці Чирський пустелі: Досифей, Феодосій, Пафнутій та інші. Доля пішли була сумною. Черкеський князь Шевкаль прийняв їх, розраховуючи з їхньою допомогою розширити свої володіння і поселити їх на річці Аграхань (виходить, що козаків з Дону прийшло багато).
Потім з ними увійшов в переговори терский отаман Іван Кухля, пропонуючи оселитися на Тереку. Москва перешкодила Кухлі. Частина втікачів пішла в урочище Мажари, поблизу Великий Кабарди, а звідти на Кубань.
Більшість з них загинуло в сутичках з черкесами та іншими горцями. На Ведмедиці старообрядницькі містечка розорили, заводчиків переловили, частина стратили на місці, інших перевезли в Черкасск.
Видані Москві отамани Кирей Матвєєв і Самійло Лаврентьєв, старшина Павло Чекунов, поп Самійла і інші були четвертовані, інших козаків били батогами з «урізанням мови», а потім розіслали по тюрмах і в Сибір.
Старі козачі права «з Дону видачі немає!» Стали відходити в область переказів. Царські грамоти з проханнями «а ви б нам, отамани-молодці, послужили» стали замінюватися указами з Посольського наказу. Тисячі козаків, рятуючись від загибелі, поневірялися по кумской і Кубанським степах і передгір'ях Кавказу, йшли на Яїк і Терек, шукали заступництва у горців і татар і гинули в боях.
У 1689 році на Дону сталося сильне повінь, багато козачі містечка на островах були остаточно спустошені і змиті безслідно.
У 1689 році козаки ходили в другій кримський похід з князем Голіциним, 500 осіб сухим шляхом на конях з отаманом Семеновим, морем 700 осіб на 45 стругах - похід був невдалим.
Пізніше пішли на Куму і Кубань дозволили повернутися, але присягнути на хресті і «хреститися по новому», але амністії не було, заслані і посаджені в тюрми там і залишилися.
У всіх церквах Дона відновлювали службу «по-новому», з обов'язковим поминанням царя і патріарха. Порядок у Війську був відновлений, життя входила в нормальну колію.