Парування відбувається приблизно за 3 - 7 тижнів до відкладання яєць. Як і у більшості інших тропічних і субтропічних ящірок, у зеленій ігуани немає чітко визначеного сезону спарювання і відкладання яєць. Зазвичай цей сезон розтягується на 1 - 3 місяці. Якими б не були умови, самка відкладає яйця тільки один раз в сезон.
Вагітні самки ігуани вибирають для відкладання яєць відкриті місця і риють нору з інкубаційної камерою, досить містку, щоб в ній було зручно розвернутися. Під час будівництва самці охороняють територію.
Кладка здійснюється в один прийом і складається з 14 - 76 довгастих яєць довжиною близько 40 мм, одягнених в шкірясту оболонку. Закінчивши кладку, самка лапами засинає нору піском, залишаючи камеру для повітря. Під час інкубації, яка триває до 10 тижнів, температура в гнізді залишається майже постійної і дорівнює 28 - 32? С. Розвиток ембріона протікає синхронно, і вилуплення дитинчат відбувається одночасно. Новонароджені ігуани важать 1 г і досягають в середньому 75 мм. Вони самостійно вибираються на поверхню.
