Роман Трахтенберг народився і виріс в єврейській родині. Мати - стоматолог Тетяна Львівна, батько - Лев Глібович Горбунов, хоча сам Роман називав батьком сексолога і психотерапевта Льва Мойсейовича Щеглова (після смерті Трахтенберга Л. М. Щеглов спростував ці відомості, назвавши їх містифікацією). Так, за словами Романа, батьки розлучилися, коли йому було близько року, і до 18 років він носив прізвище вітчима - Трахтенберг, яку згодом також використовував в якості артистичного псевдоніма. Кандидатську дисертацію захистив під прізвищем Горбунов.
Рома при всіх своїх проявах залишався природним і затребуваним. Він був нашим другом і товаришем у всіх життєвих ситуаціях. (Дмитро Райтер)
За словами Трахтенберга, у другому класі школи він вступив вхореографіческое училище ім. Ваганової, де провчився два роки. Насправді цього не було. За його словами, в подальшому він виступав у складі дитячого хору Ленінградського радіо і телебачення і одночасно займався в театрі юнацької творчості пріЛенінградском палаці піонерів ім. Жданова. Після закінчення середньої школи вступив до Ленінградського університету на філологічний факультет. У 1987 році був відрахований з другого курсу і покликаний на службу в армію. Служив у військах зв'язку.
У Романа Трахтенберга залишилися молода дружина (випускниця медичного інституту) і двоє синів. Молодшому, від першого шлюбу, Льву Давиду. на момент смерті батька виповнилося тринадцять років; старший, двадцятирічний позашлюбний син Сергій. став спілкуватися з Трахтенбергом за 2 роки до його смерті.