XVI століття було періодом зародження науки в Європі, зокрема в ботанічній сфері. Приголомшені одночасно надходять з Африки, Азії та Америки новими видами рослин, європейські ботаніки класифікували їх за відомими їм на той момент поняттям. В середині XVI століття в поняття того періоду впліталися релігійні вірування, воскреслі грецькі і римські міфи, зародкова ботанічна система класифікації і зароджуються медичні теоретичні знання. Так, вони давали назви відповідно до свого поглядом на описуваний нову рослину і на його приблизні медичні властивості. Травник, ботаніків і лікарям здавалося, що вони дають відповідні назви рослин, проте незабаром ставало зрозумілим, що одне і те ж рослина могла називатися по-різному.
У 1544 році італійський ботанік П'єтро Андреа Маттиоли згадав malaaurea. або «золоті яблука», які він описав, як «сплюснуті, як Мелроуз (сорт яблуні) і розділені на частини, зелені на початку і золотистого кольору після дозрівання». Це було перша згадка помідора. Виходячи з цього передбачається, що перші помідори в Європі були жовтого кольору. Маттиоли класифікував нову рослину нарівні з мандрагора, яка, в свою чергу, зіставлялася сімейства пасльонових, багато рослин якого отруйні. Ймовірно, і мандрагора придбала репутацію отруйної рослини через асоціації з пасльоновими. Але по-справжньому популярність вона придбала в іншій сфері. Її згадали в біблії. На івриті рослина називається dudaim. що в перекладі означає «яблука любові» або «рослини любові».
У кількох цивілізацій є повір'я в те, що мандрагора є афродизіаком. Коріння цих повір'їв йдуть в «Вчення про сигнатури», за яким передбачається наявність клінічних ознак, які визначаються за зовнішнім подобою. Греки вірили, що коріння мандрагори нагадують двох обнімаються закоханих, тому вони вважають це рослина афродизіаком. Ця доктрина дожила до Середніх віків і в епоху Ренесансу було модним їй дотримуватися.
Маттиоли описував, що золоті яблука готували також, як і баклажани - смажили в олії з сіллю і перцем. Баклажани, будучи родом з Південної Азії, до початку XVI століття вже були досить відомим продуктом харчування в Іспанії і Італії. Травники класифікували його, як різновид мандрагори і також посилалися на нього, як на яблуко любові. Це, ймовірно, сталося через їх ботанічної схожості. Оскільки мандрагору, баклажани і помідори класифікують сьогодні, як відносяться до сімейства Solanaceae (Пасльонові). то нічого дивного в тому, що ранні ботаніки теж класифікували їх разом - їх структура, квіти і плоди дуже схожі. Маттиоли доповнив свій травник і випустив його друга будівля в 1544 році. У цьому виданні рослині malaaurea було дано італійська назва pomid'oro або «золоте яблуко» - під такою назвою воно досі відомо в Італії. У цьому ж виданні Маттиоли також згадав і про червону різновиди помідорів.
Далі травники зв'язали томати з класичними грецькими текстами. Деякі з них прийшли до висновку, що «золоті яблука» Маттиоли за зовнішнім виглядом схожі з glaucium (глауциум, описаному Діоскорид), сік якого мав гіркий смак. При цьому ця рослина мало терпкий запах, жовто-оранжевий колір, виростало воно в Сирії і було рекомендовано застосовувати при запаленнях очей. Інші ботаніки вважали, що «золоті яблука» ставилися до роду lycopersicon (по Галену) - «вовчий персик», рослина з сильним ароматом, жовтим соком, що виростає в північній Африці. У XX столітті ботанік Леонард Лаквілл вказав на те, що правильною транслітерацією з грецького буде lycopersion і що справжнє значення цього слова невідомо. У той же час, травники продовжували користуватися терміном lycopersicon. а хтось додав латинське закінчення до грецького слова і отримав термін lycopersicum. який використовується і понині.
«Золоті яблука» Маттиоли насправді не були рослиною glaucium і не ставилися до роду lycopersicon. однак, крім назв, вони також придбали їх властивості, які були приписані їм древніми травниками. Ботаніки епохи Ренесансу рекомендували томатний сік як засіб від катаракти і при інших запаленнях очей. Схожі медичні властивості були приписані помідорів і більш пізніми травниками і лікарями, з цими якостями рослина увійшла в XX століття.
У 1553 році швейцарський натураліст Конрад Геснер зробив акварельні замальовки невеликого рослини з червоними плодами, яке по-латині називалося pomaamoris ( «яблуко любові»). Воно, ймовірно, було дано рослині з невеликими плодами-томатами через його схожості з плодом мандрагори. Можливо, цей зв'язок простежив Лука Гіні, італійський ботанік XVI століття, який заснував в Пізі перший в Європі університетський ботанічний сад. Він дав назву плоду amatula - латинське слово, що додає йому властивості афродізіака. Гіні листувався з Маттиоли і практично з усіма іншими травниками Європи. Можливо, саме він був для Маттиоли джерелом інформації про malaaurea. У будь-якому випадку, у деяких оглядачів томат був згаданий в якості афродізіака, як були приписані подібні властивості і багатьом іншим новим для Європи рослинам з Азії, Африки і Нового Світу.
Геснер також зробив замальовку великого рослини з круглими плодами під назвою Solanumlycopersicum. яке, як він вважав, було родичем «яблука любові». Фламандський ботанік Ремберт Додунс в 1553 році також прийшов до висновку, що «золоті яблука» Маттиоли є ні що інше, як pomaamoris.
Ботаніки епохи Ренесансу не тільки приписували багатьом рослинам не властиві їм цілющі якості, а й намагалися визначити звідки ті родом, при цьому у них було жахливе географічне розуміння світу. Імовірно томати могли мати різне походження. Терміни glaucium і lycopersicon припускають середземноморське походження. Луїджі Скуалермо, перший префект ботанічного саду в Падуї, використовував термін pomidePeru. що, в свою чергу, має на увазі американське походження. Однак, він, ймовірно, переплутав цю рослину з Daturastramonium. яке також називається pomidePeru. Німецький ботанік Йоахім Камераріус назвав цю рослину pomumIndium. що має на увазі азіатське походження. Гуіландінус (Guilandinus), другий префект ботанічного саду в Падуї, посилаючись на pomumaureum і pomumamoris. використовував термін AmericanorumTumatlepaitumatle. Як підмітив ботанік XX століття Дж.А. Дженкінс, Гуіландінус в своїй праці використав слово Темістітан - так неправильно називали Теночтітлан (нинішнє Мехіко). Цей термін вживається лише протягом кількох років після іспанської конкісти, тому Дженкінс вважає, що томат прибув до Європи протягом 20-х років XVI століття.
На відміну від багатьох інших фруктів і овочів Нового Світу, культивування томатів зафіксовано лише в Центральній Америці. Оскільки доколумбових археологічних свідоцтв, кераміки із залишками помідорів і згадок про томаті в ієрогліфічних текстах знайдено не було, то більшість дослідників припускають недавню появу помідорів в раціоні харчування месоамеріканцев. Ацтеки швидко адаптували помідори, тому що вони були схожі з tomatl (Physalisixocarpa) - рослиною, батьківщиною якого вважається мексиканське високогір'ї. Плід томатль був невеликим, зеленим або жовтим, кислим на смак і покритим тонкою мембраною. Нове рослина ацтеки назвали xitomatl (шітоматль) або великим томатль. До XVI століття цей фрукт культивувався як мінімум в південній частині Мексики. Іспанці вперше дізналися про цю рослину, коли Ернан Кортес почав своє завоювання Мексики в 1519 році.
Незважаючи на схожість назв на науатлі (мовою ацтеків), tomatl і xitomatl з ботанічної точки зору лише віддалено пов'язані один з одним. Спочатку іспанці не робили між ними відмінностей, називаючи їх одним словом - tomate. При прочитанні ранніх джерел це викликає певні труднощі - незрозуміло про яку рослину йде мова. У багатьох мовах нестикування залишається, наприклад, в англійській мові в основі husktomato. greentomato або tomatillo (Physalisixocarpa) лежить оригінальний ацтекскій tomatl. а у терміна tomato (Lycopersiconesculentum) - xitomatl.
