За часів Смути шведи спалили монастир дотла. Ченці все ж встигли заховати церковне начиння до приходу ворогів і сховалися в навколишніх лісах. Монастир поступово відбудовувався.
При ньому було зведено чудовий Троїцький Собор, кам'яна Благовіщенська церква з трапезної, триярусну дзвіницю, стіни навколо монастиря з надбрамної церквою в ім'я св. апостола Іоанна Богослова, келійні корпусу. За вказівкою владики були влаштовані дороги від монастиря до Тихвинскому тракту (12 км) і 30-кілометрова до річки Волхов, звідки легко можна було дістатися до Новгорода. Владика Корнилій приписав до Зеленецький обителі ще чотири монастиря зі своїми селами і угіддями - Староладожскій Іванівський, Василівський, Гостінопольскій і Новгородський Спасо-Нередицкий.
Більше двохсот років ченці дбайливо зберігали особисті речі святого владики: посох, мантію, клобук, чотки, складень. Збереглося і духовний заповіт святителя, в якому він просить своїх приймачів по новгородській кафедрі зберегти «без жодного применшення твердо і непорушно» Зеленецький обитель. Але зберегти обитель не вдалося. У монастиря забрали більшу частину земельних володінь, відвезли кращі дзвони, безліч ікон, церковного начиння і книг. Господарство занепадало від частих пожеж.
У 1722 році монастир приписали до Харківської єпархії, і туди стали направляти душевнохворих, а також тяжко згрішили кліриків єпархії. У тому ж році обитель розорили розбійники.
Багато бід пронеслося над монастирем з часу заснування. Обитель розорялися, горіла, але знову повставала з попелу, убожіє і знову ставала багатою. Новгородський літопис свідчить, що в неврожайні роки монастир постачав голодуючих селян з навколишніх сіл хлібом і кормом для худоби.
До початку XX століття Зеленецький монастир став одним з найбільш благоуспішного на Півночі. Усі будівлі його знаходилися в прекрасному стані. Монастир володів 19 277 десятин землі, мав 130 тис. Руб. капіталу. До 1908 року в обителі було 13 ченців, 3 послушника і 27 працівників.
І, все ж, коли ми приїхали сюди, картина була зовсім інша. Згадалися слова невідомого монастирського літописця кінця XVIII століття, який так завершив опис історії Зеленецький монастиря: «Але обитель свята, як лише буря відвернеться, паки процвітає і вся розорена виправляє поміччю Святої Жівоначальния Трійці ...».
Братія викопала канави, випивши болота біля стін монастиря. Була відновлена дзвіниця, завершені покрівельні роботи на всіх будівлях і храмах обителі. І можливо, одним з найважливіших справ для відновлення монастиря стала недавно влаштована дорога, що зв'язала Зеленець з Волховом. Тепер до монастиря можна вільно проїхати не тільки прочанам і благодійникам, а й машинам з вантажами для обителі.
