Агент ФБР Олівія Данем розслідує загибель всіх пасажирів авіарейсу наступного з Гамбурга в Бостон. В ході розслідування поранений її напарник Джон Скотт, якимось дивним пораненням, з яким ніхто з лікарів не стикалися. У розпачі Олівія розуміє, що їй може допомогти доктор Уолтер Бішоп, якого вважали божевільним ученим і тепер він знаходиться в психіатричній лікарні. Поговорити з ним можна тільки за участю одного з його родичів, але у нього їх не залишилося, крім його єдиного сина Пітера. Пітер виявився злочинцем, який зараз в розшуку, але не дивлячись на це Олівія вмовляє його. Уолтера виписує син. Після Уолтер вимагає свою колишню лабораторію і корову. Помічниця Олівії Острід привозить корову. Нарешті Уолтер погоджується допомогти. Олівія продовжує розслідування і знайомиться з Ніною Шарп, впливовим керівником корпорації «Мессів Дайнемік». Олівія, Пітер і доктор Бішоп разом почнуть розкривати таємницю рейсу 627. Вони з'єднують розум Олівії і Джона Скотта, щоб дізнатися винуватця рейсу 627, який і поранив Джона Скотта. Але пізніше Олівія дізнається, що Джон виявився зрадником і вбив винуватця загибелі рейсу 627. Джон зробить спробу втекти. Олівія пускається в погоню. Джон Скотт потрапляє в аварію і гине. Олівія, Пітер і доктор Бішоп зроблять перший крок на шляху до усвідомлення істини, яка знаходиться за межею нашого розуміння.
Олівія, Пітер і Уолтер Бішоп розслідують незвичайну загибель жінки, яка народила ще більш незвичайного дитини. Жінка була вагітна менше години, проте новонароджений був доношений і більш того - постарів на 80 років в лічені хвилини. Пізніше група виявляє те ж саме ще раз. Олівія каже, що ще до цього вона разом з Джоном намагалася спіймати серійного вбивцю, який і є винуватцем в цих подіях. Пітер і Уолтер вирішують, що потрібно переглядати зображення клітковині очі у тої жінки, але для цього потрібен спеціальний прилад. За цим приладом Олівія звертається за допомогою до Ніни Шарп з «Мессів Дайнемік». Уолтер несподівано згадує де він залишив свою машину 17 років тому. Серійного вбивцю зловить Олівія, але той старіє прямо у неї на очах. Розслідування закінчується і Уолтер після того як Пітер пішов, починає говорити Олівії, що колись з Пітером був клінічний випадок, але передумає і не договорює. Вночі Уолтер починає говорити якісь числа.
Рой стверджує, що отримує бачення від Бога. В одному зі своїх бачень він бачить дивний випадок з пасажирами автобуса. Хтось випустив невідомий газ, який якось реагує з азотом повітря і перетворюється в твердий матеріал разом з пасажирами. Тепер команда повинна знайти відповідального за випадок в автобусі за допомогою видінь Роя. Чи зможе Доктор Бішоп витягти бачення, не вбиваючи Роя? І все-таки команда змогла виконати завдання. Пізніше Бройлз передає дивний газ Ніні Шарп.
Група досліджує дивний циліндр, знайдений після вибуху на будмайданчику в Нью-Йорку. Олівія виявляє зв'язок між загадковими подіями. Починаючи з рейсу 627 до циліндра весь час непомітно з'являвся дивний чоловік, на якого Олівія не звернула увагу раніше. Він був лисим і без брів. Бройлс називає його спостерігачем, тому що він ніколи не втручається, а лише спостерігає за дивними явищами. Досліджуючи циліндр, Уолтер стикається з чимось раніше знайомим. Він взяв циліндр і сховав його. Там він зустрічає того самого спостерігача. Пізніше Уолтера зловлять за те, що він вкрав циліндр, але відпускають. Пізніше Уолтер розповідає Пітеру про спостерігачі, який спостерігає незрозумілі явища. Також розповідає про те, як він і Пітер ледь не потонули в воді, і що їх тоді врятував спостерігач.
Відбуваються небезпечні і смертельні випадки, коли у досить простої людини виявляється здатність керувати електрикою. Наше тріо починає розслідування цього незвичайного інциденту. Паралельно з розслідуванням у Олівії відбувається ще більш шокуюча зустріч, а доктор Бішоп вдається до допомоги поштових голубів.
Після того, як кілька тижнів тому було оголошено про те, що жінка пропала безвісти, вона з'являється з рідкісною хворобою в передмісті Массачусетса і з незрозумілих причин викликає болісну біль і подальшу смерть у тих, з ким вона стикається. В ході розслідування цієї події у жінки виявляється небезпечний рівень радіації, а також незвичайні обставини, що оточують цей випадок, що вказують на незаконні випробування лікарських препаратів на людину і, можливо, дещо ще більш зловісне. Тим часом, Уолтера переслідують думки про цукрову вату, а Пітер укладає угоду з Ніною Шарп і відкривається приголомшлива частина минулого Олівії.
Як ми познайомилися з містером Джонсом
Агента ФБР при смерті, доставляють в лікарню, де виявляється, що його серце обвиває якийсь загадковий організм. Агент ФБР був Мітчелом Лоебом. Доктор Бішоп запевняє, що це свого роду генетично паразит, створений щоб повністю поглинути серце людини. Олівія відправляється у в'язницю, що знаходиться в Німеччині, так як там знаходиться людина здібна допомогти позбавити вмираючого агента від паразита. Цією людиною виявився Джонс. Він обіцяє, що допоможе з паразитом, але він хоче дізнатися де живе якийсь джентельмен. Відповідь може дати Джозеф Сміт, але до цього часу він був мертвий. Так як Бройлс порахував його за шпигуна. Але Уолтера це мало хвилювало. Він вирішує, що мінімальна функція організму допоможе, в якості піддослідного він використовує Пітера. Відповіддю виявився Літтл Хілл, якому Джонс був задоволений і допоміг із засобами проти паразита. Але в кінці виявляється, що справжнім шпигуном був тільки що врятований агент і слова сказані Джозефом Смітом були цінними для нього.
Жінка, яка ось уже десять років вважається загиблою, за допомогою мерехтіння зелених і червоних вогників викрадає маленького хлопчика - музичного генія. Олівія і компанія з'ясовують, що жінку звати Джоанна Оуслер, і вона замішана ще в десятках подібних випадків. В цей час, доктор Бішоп згадує, що колишній сусід по лікарні розповідав щось подібне, і Уолтер вирішується повернутися в Сайнт-Клер, щоб з'ясувати подробиці. Але там чекає їх сюрприз. Через те що Уолтер вимагав від колишнього сусіда інформацію його закривають знову. На цей раз Пітер починає турбується про нього, і йому знову доведеться виписувати його. До цього часу Уолтер довідається, куди викрали музичного генія. Туди відправляються Чарлі і Олівія. Вони знаходять хлопчика, але викрадачеві вдаються сховатися. Вона приносить результати до Мітчелу, герою з попередньої серії. Результати допомагають йому змусити якийсь пристрій працювати.
У глибинах свідомості
Один із співробітників «Мессів Дайнемік» вистрибує з вікна, побачивши галюцинацію про напад метеликів. У розслідуванні Олівії допомагає агент Скотт, але доведена до відчаю Олівія вирішується раз і назавжди видалити Скотта зі своєї свідомості. А тим часом, колишня подруга і старі вороги Пітера дізнаються, що він повернувся в Бостон. Таке рішення Олівії змушує її повернутися в бак. Після того що вона побачила підозра перемикається в «Мессів Дайнемік», але свідок виявляється убитим. І вони вирішує підозра від цієї компанії.
Розслідуючи серію грабежів банків, Олівія, Уолтер і Пітер виявляють одного з підозрюваних опинилися в стіні сховища. Уолтер обчислює, що злодії за допомогою невідомих технологій знайшли спосіб кинути виклик законам фізики, і то що вони вкрали добре йому знайоме. У міру того, як просувається розслідування, загадки стають все заплутаніше, а кульмінацією стає викрадення одного з трійці.
Олівії вдається втекти від викрадачів, але на цьому проблеми не закінчуються. Перш за все, один з минулих недругів Олівії, що працює на Службу Безпеки, починає формальну перевірку Підрозділи Fringe, а потім до Олівії приїжджає її сестра Рейчел. І все це в той момент, коли Олівія, Пітер і Уолтер намагаються розібратися в дико абсурдному вбивстві шановного лікаря-епідеміолога, перш, ніж можлива епідемія вийде з під контролю.
Олівія, Пітер і Уолтер розслідують смерть продавця автомобілів, знайденого покритим чимось липким, в точності, як і людина з іншого кінця країни. Уолтер виявляє, що липка субстанція - це мозкова рідина. Тим часом, Пітер намагається застерегти свого батька від його минулого, а одному з улюблених Олівії - загрожує небезпека.
На місці катастрофи міжнародного аеробуса, виявляються незвичайні останки. Події, що відбуваються, змушують Олівію повернутися в бак, що в кінцевому підсумку дозволяє їй дізнатися правду про Джона Скотті, а потім і знайти причетних до події на борту літака.
Містер Джонс повертається, щоб провести перший тест над Олівією. Тим часом Пітер і Олівія знаходять книгу ZFT.