Після закінчення університету Василь Петрович працює у відділі статистики Пензенської губернії і реальному училищі Нижнього Новгорода.
Кінець життя і смерть
Вже з другої половини 1920-х років в житті В. П. Налимова починають звучати тривожні нотки. Спочатку виникають труднощі з публікаціями. У 1929 році не дали надрукувати книгу «До пізнання удмуртів». У 1933 році В. П. Налімов був заарештований у «справі Спілки визволення фінських народностей». Йому, як і іншим представникам угро-фінської інтелігенції, було пред'явлено звинувачення в організації суспільства, метою якого було відторгнення від СРСР частини північних земель і приєднання їх до Фінляндії. У 1933-1935 роках Василь Петрович перебуває у засланні під Норильському і наполегливо добивається визнання своєї невинності. Йому вдалося виправдатися, його звільнили і відновили на посаді. У 1938 році був звинувачений в шпигунстві на користь Фінляндії і підривної діяльності. Під час допитів вчений відстоював свою невинність, не погоджувався з висунутими проти нього звинуваченнями. Одним з головних аргументів на користь причетності Налимова до сепаратистам стала спільна експедиція фінського професора Уно Тааві Сіреліуса [fi] і В. П. Налимова в 1907 році. У наприкінці 1939 року професор В. П. Налімов помер в ізоляторі Сиктивкарський в'язниці, згідно з медичним висновком у нього було виявлено 12 хвороб. У 1960 році він був реабілітований за наполяганням його сина Василя Васильовича Налимова. який сам в цей час тільки повернувся зі сталінських таборів.
У своїх роботах В. П. Налімов виступив одним з перших дослідників комі етнології. який спробував застосувати при вивченні традиційної духовної культури спеціально розроблену програму. Областю його наукових інтересів була реконструкція традиційного світогляду комі (зирян). Наукові праці В. П. Налимова отримали визнання колег - етнографів і фольклористів вУкаіни і за кордоном. Його студентські польові етнографічні та фольклорні записи тривалий час залишалися одним з основних джерел по вивченню обрядів і вірувань комі для зарубіжних дослідників.