Відділення: приймальне; інтенсивної терапії та реанімації; 1-е відділення для лікування вірусних гепатитів; 2-е відділення для лікування вірусних гепатитів; лікувально-діагностичне; відділення для лікування кишкових інфекцій; відділення для лікування нейроінфекцій; відділення для лікування повітряно-крапельних інфекцій.
На базі лікарні функціонують дві кафедри: кафедра інфекційних хвороб БДМУ та кафедра інфекційних хвороб БелМАПО.
Для надання спеціалізованої медичної допомоги хворим проводиться політика щодо поліпшення матеріально-технічної бази, впровадження нових методів і методик в практику роботи лікувальних відділень і функціонально-діагностичних підрозділів, створення комфортних умов для перебування в стаціонарі.
На базі міської клінічної інфекційної лікарні працює міський центр вакцинопрофілактики.