-Іден прайм
З метою випробувати новітні стелс-системи, "Нормандія" летить на планету Іден Прайм. Однак присутність спектра говорить про те, що все не так просто.
Після короткої розмови з пілотом, капітан Андерсон викличе вас в кімнату зв'язку. По дорозі можете поговорити зі штураманом Преслі, доктором Чаквас і солдатом Дженкінсом.
У залі зв'язку нас зустріне Найлус - туріанец-спектр, пізніше підійде сам капітан і розповість навіщо ви тут насправді. Виявляється Найлус тут для того, щоб оцінити Шепарда в якості першої людини-спектра. Ваша ж задача полягає в тому, щоб забрати протеанскій маяк, Розкопане місцевими археологами і, можливо, зберігає таємниці їх технологій.
Ситуація серйозно ускладнюється, коли з планети надходить сигнал лиха. На планету напали невідомі вороги, і гарнізон просить про допомогу. У терміновому порядку "Нормандія" висаджує на планеті Найлуса, який бажає розібратися з усім самостійно, а потім і десантний загін з Шепарда, Дженкінса і Кайда.
З метою замести сліди, Сарен наказав гетам замінувати станцію. У вас буде п'ять хвилин, щоб розміновувати чотири бомби. Розправившись з ворогами і обнишпорив всю платформу вирушайте до маяка.
Один з ваших напарників (в залежності від статі героя) випадково активує маяк, і Шепард, відштовхнувши його в сторону, бачить дивне видіння, після чого маяк самознищується, а сам Шепард падає без свідомості.
Прийшовши до тями поговоріть з лікарем про своєму самопочуттю і з напарником, обязонностей своїм порятунком. Капітан Андерсон опише загальну ситуацію: місія не виконано, спектр мертвий, маяк знищений, а все що від нього залишилося це незрозумілі бачення Шепарда.
На виході з медотсека вас зустріне ваш напарник і знову подякує про своє спасіння. Після розмови вирушайте в кабіну пілота і віддайте наказ Джокеру зістикуватися із станцією Цитадель.
