-проект Властелін-
В ході розслідування причин мовчання дослідницької бази "Цербера" на планеті Дайте, Шепард виявляє, що вона захоплена гетами. Єдиний що вижив - керівник досліджень доктор Гевін Арчер - описує ситуацію: експеримент зі злиття розуму добровольця з віртуальним інтелектом привів до створення небезпечного гібрида - ВІ "Повелитель". Оскаженілий ВІ вже атакував три бази "Цербера", взявши під контроль всю техніку та випустивши на свободу орди гетів. Якщо капітан не зможе проникнути в фортецю ВІ і вимкнути його, цей розум передасть себе з планети і обрушить свій гнів на інші системи.
Станція "Гермес"
Привид повідомляє, що один з осередків організації "Цербер" раптово перестала виходити на зв'язок. Крім назви проекту «Повелитель», Шепард повідомляють місцезнаходження бази: Скупчення Фенікса, система Тифон, планета Дайте. Переліт займає як мінімум 300 одиниць палива, так що запасайтеся до початку місії. Капітан з командою висаджується на одній з баз "Цербера" на планеті - "Гермес".
На базі капітану будуть потрапляти камери стеження, уражені вірусом ІІ і агресивні гети. Про вірус, що їх заразив розповість єдиний вижив в ході експерименту професор Гевін Арчер. Вчений просить відключити зв'язок із зовнішнім світом, знищивши тарілку супутникового зв'язку, таким чином, усунувши загрозу проникнення ІІ в зовнішні системи за межі планети.
Подорожуючи по коридорах станції, Шепард зустрітися з натовпами гетів, на яких проводив дослідження Арчер. Оскільки гети стануть єдиними ворогами в ході місій «Повелителя», кращим важкою зброєю стане дугового випромінювач. По прибуттю до системи управління тарілкою капітана очікує перша серйозна битва з міні-босом. В цілому проти команди Шепарда виступлять одинадцять гетів - ракетників, солдат і одного Прайм. Арчер по радіо інструктує як знищити тарілку: розблокувати конденсатор, натиснувши на кнопку, і розстріляти його.
По поверненню на станцію, капітан дізнається від доктора Арчера, що ІІ - це його брат Девід. Арчер повідомляє, що для доступу на станція, де знаходитися Девід необхідно отримати допуски з трьох інших станцій. Одна з них - та, на якій ви перебуваєте, дві інших можна відвідати в будь-якому порядку.
При посадці в "Молот" можливий баг, якщо у вас не встановлено відповідне доповнення - не буде активною посадка в літаючий танк. Подорож по просторах планети Дайте супроводжуються додатковим завданням від "Цербера" - необхідно знайти і зібрати шість частин даних про дослідження. Дані підбираються тієї ж кнопкою, що і мінерали.
Станція "Вулкан"
Дістатися до станції необхідно на літаючому танку. Використовуйте вентилятори як додаткову підйомну силу. У тунелі між відкритими просторами в лівому рукаві печери можна знайти ресурси. Для подолання потоку лави використовуйте острівці. Пройшовши далі ми опиняємося між двома потоками лави, між якими стоїть гора - встрибуйте на неї використовуйте маленькі уступи. На плато ви знайдете іридій (800 одиниць), які часто пропускаються. Після висадки на станцію вам належить знищувати загони гетів, які не становлять великої загрози - як правило, досить і укриттів і термозарядов. Використовуйте вибухають контейнери, поряд з якими, завдяки випадку, завжди стоять противники.
У самому фіналі вас чекає смішна сценка з роботом Локі, в якій можна заробити кілька очок відступника.
Станція "Прометей"
Станція є потерпілий крах корабель гетів з потужним знаряддям, здатний рознести на атоми наш хлюпенькій танк з одного пострілу. Саме знаряддя приховано за кінетичним щитом, який живлять кілька генераторів. Їх можна розстріляти, використовуючи ракетницю "Молота" (досить довго, адже кожен генератор прикритий своїм щитом, крім того, великий ризик потрапити під вогонь знаряддя гетів) Другий варіант - провокування знаряддя на постріл поблизу від генератора. Вибух знищує щит, таким чином кожен з чотирьох генераторів, а потім і сама гармата, залишаються без захисту. Знаряддя витрачає багато часу на прицілювання, так що майже завжди можна встигнути втекти із зони ураження. Не забудьте взяти платину (1200 одиниць). Проходячи по порожніх коридорах корабля, капітан не зустріне жодного противника - тільки мертва тиша і записи дослідників. Центр управління кораблем знаходиться на віддаленому острівці в останній кімнаті, щоб дістатися до нього, наведіть платформи.
Після розкодування терміналу все гети на кораблі активізуються. Повертайтеся старою дорогою, знищуючи синтетиків.
Станція "Атлас"
Саме на цій станції розташований наш головний ворог - бунтар ІІ. В одній з кімнат потрібно буде викликати ліфт на 7-ий рівень. У кімнаті з'являться термінали, які опускають або піднімають ліфт на +/- N поверхів. Існує безліч комбінацій доставки ліфта на 7 поверх, одна з яких: консоль ліфта (2 рази), комп'ютер (1 раз), консоль ліфта (1 раз).
Впоравшись з гетами з ліфта, і прибувши на нижній рівень, Шепард незабаром, потрапляє у віртуальний світ ІІ. У віртуальності Шепард перебувати в поодинці, без напарників, що додатково ускладнює бої.
Просуваючись до лігва "Володаря", Шепард спостерігає записи експериментів "Цербера", сцени взаємодії Девіда з гетами і його підключення до машини.
У фінальному бою, мета - знищити невелику сферу (заражений код), що ворог намагається передати на "Нормандію". Після знищення коду, можна атакувати самого "Володаря", що в цій віртуальній реальності представлений у вигляді кулі, що світиться.
Якщо придивитися, то можна побачити, що всередині знаходиться людина. Цьому кулі треба знести всю броню, після чого він розвалиться і ми побачимо Девіда, а незабаром надійде і його брат - Гевіна. Поговоривши з доктором і вислухавши його виправдання, капітан Шепард може залишити Девіда в лабораторії або взяти з собою і відвезти його в академію Гриссома.
