Мироточиві мощі самого шанованого святого не тільки у православних, а й у представників інших конфесій зберігаються в Барі. Вже майже тисячу років, мощі св. Миколи приваблюють сюди паломників з усього світу.
У 1087 році, барійци перевезли мощі св. Миколи з м Світи в Барі. Архієпископ міста хотів покласти мощі в кафедральному соборі Барі, але барійци наполягали на будівництві нового храму для святині. Ця суперечка залагодив абат бенедиктинець Ілля. Йому й доручили будівництво нового храму. Крипта була побудована за 2 роки. У той час як верхня частина храму будувалася трохи більше ста років.
Крипта це підземне приміщення в церкві. Перші крипти почали будувати за часів середньовіччя. У цей період почали поширюватися і виникати мощі святих, різні реліквії і щоб їх гідно зберігати стали будувати крипти. Крипта в Барі була побудована для зберігання мощей св. Миколи. Вона тримається на 26 колонах. 4 колони підтримують в центрі стелю крипти відрізняються від інших. Ці колони візантійські у них дуже красиві капітелі. На деяких зображені птахи п'ють з чашки, це символізує хрещення. Капітель - в перекладі означає «голова» це верхня частина колони.
Крипта була готова в 1089. Освячував її сам папа римський Урбан 2, він і переніс мощі для зберігання під вівтар. Цей вівтар і тепер вкриває святі мощі. На цьому вівтарі проходять і православні і католицькі служби.
Мощі св. Миколи знаходяться нижче рівня підлоги і закриті залізобетонними блоками з усіх боків. Єдине отвір в гробниці відкривають 9 травня в день свята св. Миколи і насосом вибирають миро. Миро виявляється приблизно 200 гр. Потім цю рідину розводять з водою і поширюють по всьому світу.
За вівтарем в крипті перебувати старовинна ікона 1327 року. Це дар базиліці від царя Сербії Уроша 3. Його батько, Урош 2, підозрював у змові. Він наказав засліпити сина і заслав його в Грецію. Але царевич вилікувався від сліпоти за молитвами до св. Миколі і в подяку за зцілення підніс цю ікону в дар базиліці.
У крипті є православна капела. Там регулярно проходять служби румунської православної церкви. Базиліка в Барі це єдиний храм, де є два вівтаря, католицький і православний.
Виходячи з крипти можемо спостерігати гробницю того самого абата Іллі що почав будувати храм. Його гробницю прикрашає плита із зображенням чотирьох філософів учасників бесіди між собою.
