Після чотирьох днів безплідних пошуків слідів активності гетів непізнаний корабель атакує Нормандію і розсікає її на шматки. Велика частина команди залишила корабель, але Джокер проігнорував наказ і залишився в кріслі пілота, вірячи що ще можна врятувати корабель. Шепард пішов врятувати Джокера. Як тільки він посадив пілота в рятувальну капсулу, Коммандера відкинуло вибухом. В результаті костюм був пошкоджений і Шепарда викинуло у відкритий космос. В остаточному підсумку ізоляція костюма не витримала. Шепард прийшов кінець. Він помер від задухи, до якого додалося загоряння костюма, при входженні в атмосферу, до якої початок притягувати головного героя.
Відомий своєю обізнаністю про все, що відбувається в галактиці, Сірий Посередник найняв Ферона, підлеглого Дрелла, щоб той дістав тіло Шепарда. У той же час, Ліара Т'Соні, яка шукала Шепарда після атаки на Цитадель, найняв Цербер з тією ж метою, що і Посередник. Ферон збирався виконати доручення і передати Сірому Посередникові тіло Коммандера, поки він не почув про угоду свого Боссана з колекціонерами. Через це він вирішив допомогти Церберу. Як тільки Ферон і Ліара отримують тіло Шепарда, вони вирішують віддати його про-людської організації, ніж дозволити колекціонерам привласнити його собі.
В результаті роботи Цербера під назвою Проект Лазар Шепард був повернутий до життя, являючи собою поєднання органіки і синтетики. Двома роками пізніше, Шепард приходить до тями під час атаки на космічну станцію Цербера. У міру просування по станції Шепард дізнається про Проект Лазар, про виконану роботу по його пожвавленню і про засоби вкладених у все це. Незважаючи на наміри зробити його таким же як раніше, Шепард розуміє, що швидше за все в ньому щось змінилося безповоротно. Деякий час Привид, лідер Цербера, відноситься до Шепард як до відсталому або, висловлюючись фігурально, все ще сплячого.
Поки Коммандера не було, людські колонії безслідно зникали. Через бездіяльність і політичної тяганини Альянсу і Ради, Цербер залишається єдиною організацією, здатною боротися з загрозою. Шепард погоджується на співпрацю з Примарою, щоб дізнатися всю правду. Чутки про те, що Шепард вижив, сіють неспокій. Хтось навіть став вважати, що Шепард таємно шукає причини зникнення колоній.
Через те, що Шепарда розбудили до завершення операції по його відновленню, його обличчя всіяне блискучими шрамами. Вони можуть служити певним індикатором. Отримання очок Парагон змушує шрами звужуватися і зникати, в той час як отримання очок ренегатів розширює шрами, дає оголити більше помаранчевих кібернетичних імплантів. Високі показники Ренагата змусить дегенерувати очі. Спершу вони будуть трохи відсвічувати в межах райдужної оболонки. Після досягнення останніх двох осередків шкали ренегатів очі почнуть помітно світитися червоним.
Відразу після отримання доступу до Технічної Лабораторії Нормандії Шепард отримує лист від доктора Чаквас, яка пояснює, що позитивні думки вилікують шрами. Також після удосконалення медичному відсіку, стає можливим хірургічно приховати кібернетичні імпланти і прискорити процес одужання. Якщо гравець вибирає хірургію, то шрами відразу виліковуються і вчинки Шепарда перестають впливати на його зовнішність. Дане вдосконалення коштує 50 000 одиниць платини.
