Очолює Комісію голова, який призначається Головою держави. Головою Комісії є З.Федотова, професор Академії державного управління при Президентові Республіки Казахстан.
До складу Комісії входять за посадою заступник Генерального Прокурора з нагляду за законністю виконання покарань та реабілітації громадян і голова Комітету кримінально-виконавчої системи Міністерства внутрішніх справ, або його заступники, депутати Парламенту Республіки Казахстан, представники неурядових організацій та інші особи.
Засідання Комісії проводить голова Комісії або в його відсутність заступник голови. Засідання Комісії вважається правомочним при наявності двох третин її членів. На засіданнях Комісії можуть бути присутніми і виступати з обговорюваних питань Голова Верховного Суду, Голова Комітету національної безпеки, Міністр внутрішніх справ Республіки або їх заступники.
Рішення Комісії приймається більшістю голосів від числа присутніх її членів. Першим на голосування ставиться питання найбільш сприятливий для засудженого. У разі рівного розподілу голосів клопотання вважається підтриманим. Рішення Комісії оформлюється протоколом і підписується усіма її членами, які брали участь в засіданні.
При розгляді питання про помилування вивчаються і приймаються до уваги:
1) характер і ступінь суспільної небезпеки скоєного злочину, особу засудженого, його поведінка, ставлення до праці, участь в роботі самодіяльних організацій у місцях позбавлення волі, термін невідбутого покарання та інші обставини, що мають значення при розгляді клопотання про помилування;
2) укладення Голови Верховного Суду і Генерального прокурора Республіки про застосування помилування до осіб, засуджених до смертної кари;
4) звернення (при наявності) потерпілого про помилування засудженого.