Згідно таємного плану Дарта Сідіуса (він же канцлер Палпатин) клони після отримання прихованого в їхній програмі «наказом 66» атакували керівних ними джедаїв. Через раптовості атаки більшість джедаїв були вбиті. Також група клонів 501-го легіону на чолі з новонаверненим Дартом Вейдером зачистила Храм джедаїв, убивши всіх юнлінгов - маленьких дітей-джедаїв. У мультсеріалі ЗВ Війни Клонів, показують, що кожен клон мав імплантований в мозок чіп, що не дозволив свідомо подолати наказ, проте деякі клони (КТ-7567 - капітан Рекс, бойовий товариш Енакина Скайуокера) змогли його вирізати, залишившись вірними джедаям.
У мультсеріалі ЗВ Повстанці (2 сезон, 2 серія) головні герої зустрічають старого клону Рекса, який розповідає, що після виконання «наказу 66», всіх клонів відправили у відставку, як виконали своє призначення.
На службі Імперії
Після перетворення Галактичної Республіки і Конфедерації Незалежних Систем в єдину Галактичну Імперію, Імператор Палпатин реформував організацію клонів, перетворивши їх в імперських штурмовиків, які стали символом могутності Імперії.
Війська висадилися в місті на десантному кораблі типу «Вартовий». Боба Фетт підірвав механізм блокування, що дозволило йому успішно увійти в будівлю, де проводилися операції з клонування. Усередині Фетт взяв кілька каністр з ДНК клонів. Тим часом його колеги, Імперські солдати, боролися під дощем з незліченними загонами анти-солдат. Жодна сторона не могла взяти верх в бою.
Після отримання каністр Фетт знищив системи життєзабезпечення клонів, і завдяки цьому операції з клонування були відключені, і нових клонів на поле бою не з'являлося.
Закінчивши роботу з клонуванням, Фетт поспішив допомогти штурмовиків відбивати атаки анти-солдат. Спільно з ними він став відтісняти їх і в підсумку загнав на платформу, де і розправився з ними.
Після знищення клонів-зрадників Фетт почав розбиратися з каміноанцамі, які зрадили Імперію і намагалися втекти. Для цього вони задіяли два СНДК, на яких планували полетіти. Однак це припинили імперські ударні солдати, вистріливши по кораблям ракетами. Також по кораблям зробили лазерні постріли наземні турелі. В результаті кораблі були знищені разом з каміноанцамі-майстрами клонів.
Тих, хто залишився каміноанцев, які пережили битву, поставили під контроль Імперії, і їм були заборонені будь-які спроби почати нову операцію з клонування.
Броня солдатів клонів заснована на мандалорской броні Джанго Фетта. Розробників надихнула ідея на створення зносостійкої оболонки, повністю покриває тіло Клона і зберігаючи абсолютну захищеність, хоча багато клони гинули від одного пострілу в них, що говорить про недоробку броні. Чорний натільний костюм під обладунками захищає бійця від отруйних випарів і навіть від космічного вакууму. Шолом з характерним Т-образним Візор доповнювався дихальним фільтром для роботи далеко не в ідеальних бойових умовах. Обладунки складаються з 20 облягаючих пластин з легких пластоідних сплавів-композитів. Броня забезпечує ідеальну свободу рухів в бою, але представляє незручності в управлінні транспортними засобами. Ідеальна схематична форма наочно демонструє каміноанское вплив. Основою колір броні - білий, але зустрічалася і інша забарвлення, наприклад під час конфлікту на Кашійке, все клони були одягнені в камуфляж. Також у клонів-командирів і у елітних клонів-солдат на броні були кольорові гами, що позначають їх ранг: оливковий, синій, червоний і жовтий. Ближче до кінця війни, клонам-солдатам було дозволено прикрашати броню, робити будь-яку зачіску, татуювання, що давало солдатам надію, що вони люди, а не бездушні тварі, вирощені і запрограмовані в колбах.
Твори за участю клонів