Канюляція - це критичний момент в ході налагодження ІК. Зазвичай спочатку канюліруют аорту, тому що канюляция вен здатна привести до гемодинамічним порушень. Крім того, через аортальну канюлю при необхідності можна швидко виконати інфузію. Найчастіше використовують висхідну аорту. Малий просвіт аортальной канюлі створює потік з кавітацією, що при її неправильного встановлення загрожує розшарування аорти або переважним скиданням крові в плечеголовной стовбур. Зниження АТ середовищ до 90-100 мм рт. ст. полегшує установку аортальной канюлі. Перед початком ІК з канюлі повністю видаляють всі бульбашки повітря і перевіряють адекватність зворотного потоку крові з артерії в артеріальну магістраль. Якщо не видалити всі бульбашки, виникне повітряна емболія коронарних або церебральних артерій. В разі неправильного встановлення канюлі існує ризик розшаровування аорти. Вважають, що тимчасове пережатие сонних артерій при канюляціі аорти знижує ризик повітряної емболії мозкових артерій.
У праве передсердя (зазвичай через вушко) встановлюють одну або дві венозні канюлі. Для більшості операцій КШ і втручань на аортальному клапані достатньо однієї венозної канюлі. Якщо встановлюють тільки одну венозну канюлю, то, як правило, застосовують так звані двосекційні моделі, в яких один порт для забору крові знаходиться на рівні правого передсердя, а інший - на рівні нижньої порожнистої вени.
При операціях на відкритому серці встановлюють окремі канюлі для порожнистих вен.
Маніпуляції на порожніх венах і серце часто порушують наповнення шлуночків, що проявляється гіпотензією. Канюляція вен нерідко провокує виникнення передсердних або, рідше, шлуночкових аритмій. Не виключені і предсерд-ні екстрасистоли і минущі пароксизми надшлуночкової тахікардії. Стійка паро-ксізмальная передсердна тахікардія або миготлива аритмія призводять до гемодинамічної декомпенсації, яку усувають медикамен-тозние, Кардіоверсія або ж за допомогою негайної антикоагуляції і ІК. Неправильне положення венозних канюль порушує венозний повернення або перешкоджає венозному відтоку від голови і шиї (синдром верхньої порожнистої вени). Після початку ІК перший ускладнення проявляється недостатнім надходженням крові в венозний резервуар, а друге - набряком голови і шиї. При цьому ЦВД підвищується тільки в тому випадку, коли наконечник катетера знаходиться високо в порожнистої вени.