Поки одні думають, інші роблять :)
Ви не надали реальної специфікації і вимог. Звідки вам знати, може і не вдарить. А може, то наскільки воно вдарить, легше докупити залізом?
Вирішувати сферичні завдання в вакуумі не особливо резонно сьогодні.
Формально, завдання таке:
Є функція, яка виконує якісь обчислення. Функція - у флеш. Що б функція повернула результат, її потрібно виконати.
Виконати флеш може клієнтський браузер або браузер фантома. Фантом - це варіант в лоб, самий легкореалізуемимі. Думаю, якщо впретеся в продуктивність, то можна буде знайти більш оптимальні інтерпретатори флеша. Справа в тому, що інтерпретувати флеш полюбому доведеться, а це вміють робити тільки, назвемо їх "клієнтські движки".
Якщо такі варіанти з інтерпретацією флеша не влаштовують, то можна переписати флеш в щось інше. Шляхів так само багато: можна взяти і переписати алгоритм, можна перекручуватися з Декомпіляція і запусками бінарників.
Коротше, рішення, як на мене, є й прості. В чому проблема? Бачите ж, що варіантів маса. Прикиньте плюси і мінуси кожного з них спробуйте, а якщо впретеся в реальні цифри, там вже треба думати: можна оптимізувати, є інший спосіб або потрібно докорінно змінювати рішення.
До речі, спочатку ви говорите, що є флешка, яка отримує дані і віддає результат. Тепер говорите, що вона ще й стан зберігає. Говоріть, що потрібно перетворити флешку, але потім відповідаєте, що там десятки тисяч рядків коду. Можливо і є спосіб запускати action sctipt (наскільки я пам'ятаю, так називається, хоча, до речі, ви навіть версію не вказали, якщо хочете реального відповіді по флешу) з командного рядка, але здається мені, що ви чекаєте якийсь магії у відповіді: )