Мікропрепарат може бути тимчасовим або постійним. Для приготування тимчасового препарату. необхідно на предметне скло помістити спочатку краплю води (гліцерину, розчину, барвника, реактиву), а потім в цю краплю помістити вже сам мікрооб'єкт. Після цього крапля накривається покривним склом. Отриманий микропрепарат готовий до використання. Такий тимчасовий препарат можна використовувати повторно протягом кількох наступних днів при правильному зберіганні. Постійні мікропрепарати на відміну від тимчасових можуть зберігатися роками, для цього мікрооб'єкти поміщаються в спеціальний бальзам (целлоидин).
До речі. є ще одна хитрість - якщо мікроорганізми, які використовуються в препараті як зразки, занадто рухливі, в воду можна додати 1,5% розчин метилцелюлози, який сповільнить їх рух.
Мікропрепарати можна розділити на сухі і вологі. Вище була описана методика приготування вологого препарату, тобто препарату, в якому зразок не може обходитися без води, щоб залишатися живим. Що стосується сухих мікропрепаратів. то для їх приготування не використовується вода. На предметне скло поміщається дуже тонкий зріз зразка, який накривається покривним склом. Після цього покривне скло можна злегка придавити (тільки робіть це в гумових рукавичках, щоб не залишати слідів).
Іноді при приготуванні мікропрепаратів додатково використовують спеціальний барвник, так як без фарбування деякі зразки дуже важко вивчати під мікроскопом. Зазвичай в якості барвника використовується розчин йоду і йодиду калію (також в хід може йти розчин «метиленового синього» або «кристалічного фіолетового»).
Досліджувані зразки діляться на ті, що можна розглядати під мікроскопом цілком (наприклад, суперечки, пилку та інші), і ті, для вивчення яких необхідно попереднє виготовлені зрізів. Мікропрепарати, в яких використовуються зразки цілком, називаються тотальними.
Зрізи робляться дуже гострим лезом, яке весь час змочується водою. Необхідно зробити відразу кілька зрізів, з яких потім вибрати найтонший і за допомогою препаровальной голки помістити в центр предметного скла в краплю води.