За свідченнями археологів, вперше люди з'явилися на території Алтаю близько 1,5 млн років тому. Льодовиковий панцир покривав тоді величезні простори Західного Сибіру, тому всі стоянки древніх людей були розташовані на південь від льодовиків, в прилеглих до них заболочених рівнинах, холодних степах тієї епохи - кам'яного віку.
Близько 200 тис. Років тому, в період середнього палеоліту, люди починають заселяти печери. У багатьох печерах по берегах Чариш і його притоках, на Ануе археологами знайдені кам'яні остроконечники, що служили в якості зброї. Люди, що жили в печерах, були мисливцями, а їх здобиччю були шерстистий носоріг і печерна гієна, як, кулан, газель і винторогим антилопа. В кінці IV - початку III тис. До н.е. на території Алтаю з'являються групи прийшлого населення. Культура стороннього населення отримала назву афанасьевской - за назвою гори в Красноярському краї, біля якої був розкопаний перший могильник, що відноситься до цього періоду. Афанасьевци були першими жителями Сибіру, які опанували техніку виплавки міді та виготовляли з неї різні вироби: знаряддя праці, зброю, предмети побуту, прикраси.
Культура так званого скіфсько-сибірського світу склалася в I тисячолітті до н.е. коли період бронзи змінився раннім залізним віком. Основними заняттями населення Алтаю того часу були скотарство і війни. Причиною військових зіткнень була постійна боротьба за захоплення кращих пасовищ і худоби - головного багатства будь-якого племені. Осілі племена Алтаю в скіфську епоху проживали в межах від сучасної Кулунди на заході до Кузнецького Ала-Тау на сході і до Алтайських гір на півдні. Скіфське час на Алтаї пов'язано з Пазирикського археологічною культурою. Кургани пазирикского періоду досить численні; зустрічаються як великі, так і малі кургани.
У VI ст. н.е. було створено потужне об'єднання племен - Перший Тюркський каганат, ядром якого стали алтайські тюрки. Стародавні тюрки Алтаю були творцями рунічної писемності, існувала в VII-VIII ст. Це дійшло до нас у вигляді петрогліфів і пісаніци - наскальних малюнків охрою і вибитого або графічно прокреслені зображення на камені.
У IX ст. Алтай населяли різні тюрко-телеско племена, чільне місце серед яких належало кипчаків - предкам половців, вперше описаним в «Слові о полку Ігоревім». Цей конгломерат племен (єнісейських киргизів, кома, кимаки і ін.) Проіснував досить довго.
У 1207 Алтай був приєднаний до улусу старшого сина Чингізхана Джучі, а потім увійшов до складу Золотої Орди.
З кінця XVI в. населення Алтаю все тісніше зближується з племенами західних монголів - ойратів, своїх безпосередніх сусідів. У 1635 р ойрати об'єдналися в єдине велике держава - Джунгарське ханство. Велика частина алтайських племен була включена до складу Джунгарии на васальних засадах.
У другій половині XVII ст. почалося заселення російськими Верхнього Приобья і передгір'їв Алтаю. Серед перших російських людей, що прийшли на Алтай, було багато прихильників старої віри - старообрядців. У горах вони шукали своє Біловоддя. За переказами, Біловоддя - легендарна країна свободи, справедливості і «древнього благочестя». Там не було кріпацтва, були вільні землі для проживання і господарювання. Біловоддя вважалося притулком від запанував у світі антихриста. Одним з реальних її прообразів вважається Гірський Алтай.
На початку XVIII в. для захисту від Джунгарского ханства споруджені Белоярская (1717) і Бікатунская (1718) фортеці. Територія Алтайського краю входила до складу Сибірської губернії (1708-1779), коливанських області (1779-1783), коливанських губернії (1783-1796), Тобольської губернії (1796-1804) і Томської губернії (1804-1917).
Активний розвиток на Алтаї отримали видобувна і металургійна галузі промисловості. У першій половині XVIII ст. Акінфієв Микитовичем Демидовим (з роду Демидових) побудовані Коливано-Воскресенський (1729 г.) і Барнаульський (1744 г.) мідеплавильні заводи. За указам від 1 (12) і 12 (23) травня 1747 р землі по річках Іртиш і Об разом з заводами і рудниками надійшли в управління царського Кабінету, що знаходиться в Петербурзі. З них утворений Коливано-Воскресенський (з 1834 р Алтайський) гірський округ, а з 1896 р - Алтайський округ з центром в Барнаулі. На початку XIX ст. алтайські заводи займали перше місце в Російській імперії з випуску срібла, друге - міді, третє - золота. У другій половині XIX ст. гірська промисловість вступила в смугу кризи, при цьому активно розвивалася видобуток золота приватними власниками: на 70 копальнях видобували до 100 пудів золота щорічно. Основою економіки Алтаю в цей період стало сільське господарство. Вирощувалися пшениця, овес, жито, картопля. Значний розвиток отримало бджільництво, на початку XX ст. - молочне тваринництво і маслоделие.
У другій половині XIX - початку XX ст. Алтай був одним з основних районів переселення селян з центральних губерній Росії. Особливо значних масштабів переселенський рух досягло в роки столипінської аграрної реформи. У 1897 р населення Алтайського округу становило 1,3 млн чоловік, в 1916 р - 2,6 млн осіб. В кінці XIX ст. по Алтаю пройшов ділянку Сибірської залізниці, до 1915 р побудована Алтайська залізниця, що з'єднала Новоніколаєвськ, Барнаул і Семипалатинськ.
У 1917 рішенням Тимчасового уряду зі складу Томської губернії виділена Алтайська губернія.
У 20-30-ті роки минулого століття Алтай як і раніше залишався сільськогосподарським районом.
Алтайський край в роки Великої Вітчизняної війни 1941-1945 рр. Велика Вітчизняна війна грунтовно змінила господарський образ краю, дала потужний імпульс розвитку його промисловості. З початком війни на Алтай починає ввозитися обладнання евакуйованих промислових підприємств. На базі заводського обладнання з Харкова і Сталінграда створений Барнаульський завод транспортного машинобудування, на базі Невського заводу - котельний завод. Було відновлено завод механічних пресів з Одеси, почали діяти Барнаульський верстатобудівний і апаратурно-механічний заводи. Устаткування Харківського тракторного заводу, розміщене в Рубцовську, поклало початок Алтайському тракторному заводу - єдиного в роки війни підприємству в країні, що випускає трактори та запчастини до них.
І в роки війни край залишався однією з основних житниць країни, будучи великим виробником хліба, м'яса, масла, меду, вовни і т. Д.
Адміністративно-територіальний устрій, що склалося до 1936 р отримало закріплення в Конституції СРСР 1936 р і в прийнятих на її основі конституціях союзних республік. У наступні роки адміністративно-територіальний устрій республік розвивалося головним чином по лінії розукрупнення країв, областей, районів; утворення нових областей в тих республіках, де їх не було раніше.
Остаточне оформлення адміністративно-територіальних кордонів всередині Сибірського регіону відноситься до періоду Великої Вітчизняної війни. В цей час відбулося розукрупнення Новосибірської області з виділенням з неї в 1943 р Кемеровської, а в 1944 р - Томської областей. Разом з тим в 1944 р чотири райони - Андріївський, Веселовський, Карасукська і Красноозерськ - були передані з Алтайського краю в Новосибірську область.
Подальші зміни відбувалися тільки в межах краю і не впливали на розміри території краю.
Адміністративно-територіальний поділ, усталене в момент утворення краю, мало серйозні недоліки. У зв'язку з цим для поліпшення та впорядкування адміністративно-територіального поділу проводилася велика робота: освіта, укрупнення і розукрупнення районів і сільрад; передача частин районів і сільрад до складу інших районів і сільрад; затвердження робочих селищ; створення нових міст; перейменування адміністративно-територіальних одиниць.