Першими племенами на території сучасної Баварії були кельти. На рубежі нашої ери їх витісняли німецькі племена тевтонів, що наступали з півночі, і римляни, що просувалися з півдня. Останні незабаром завоювали південну частину регіону і включили її до складу римських провінцій Реция і Норік, утворених в 15г. до н.е.
Для оборони від тевтонських набігів уздовж північного кордону імперії була споруджена лінія фортифікаційних споруд (Limes), які отримали у місцевого населення назва Teufelsmauer, тобто Чортова стіна. Залишки укріплень частково збереглися до наших днів. Південніше стіни з'явилися процвітаючі римські колонії. Римська цивілізація проіснувала тут до V ст. а потім впала під натиском німецьких племен.
В середині VI ст. на території колишніх римських провінцій Реция і Норік оселилося германське плем'я баваров, від яких і пішла назва Баварія. Вони утворили тут своє герцогство зі столицею в м Регенсбург (залишався столицею до XIII в.).
Це самостійне державне утворення, на чолі якого стояли герцоги з роду Агілофінгеров, проіснувало до моменту включення до складу Франкського держави в 788г. У VII і VIII ст. завдяки місіонерській діяльності ірландських і шотландських ченців населення Баварії було звернуто в християнську віру.
У 1070г. в Баварії утвердилася династія Романових. Її представник, герцог Генріх Лев, 1180 р зазнав поразки в конфлікті з імператором Священної Римської імперії Фрідріхом I Барбаросса, після чого до 1918 р. в Баварії правила династія Віттельсбахів.
У XVI-XVII ст. Баварія була одна з найбільш потужних німецьких державних утворень. Видатною постаттю цього періоду був герцог Максиміліан Баварський (1573-1651), який в 1628г. в розпал Тридцятилітньої війни, приєднав до Баварії Верхній Пфальц.
В кінці 1777р. не залишивши потомства, помер баварський курфюрст Максиміліан III Йосип. Вибухнула війна за Баварське спадщину, яку Пруссія і Саксонія вели проти Австрії. В результаті при владі утвердилася та лінія династії Віттельсбахів, яка до цього правила в Пфальці. Так Баварія і Пфальц були об'єднані.
В період наполеонівських воєн Баварія неодноразово змінювала свою зовнішньополітичну орієнтацію. З 1790 р. вона брала участь у війнах з Наполеоном і була окупована спочатку Францією, потім Австрією, потім знову Францією. У 1801-1813гг. Баварія виступала на боці Наполеона.
У 1806р. вона була проголошена королівством і в тому ж році вступила в Рейнський союз. У цей період територія Баварії істотно розширилася за рахунок церковних земель, ряду світських володінь і деяких вільних імперських міст. Сталі тоді кордону Баварії збереглися до теперішнього часу.
Баварці брали участь в поході Наполеона в Росію, 30 тис. Солдатів і офіцерів не повернулося на батьківщину. У 1813г. незадовго до Лейпцігського бою, Баварія знову приєдналася до антинаполеонівської коаліції.
У 1923р. в Мюнхені виникла НСДАП (Націонал-соціалістська робоча партія Німеччини). До 1933р. в місті розміщувалася штаб-квартира партії (так званий Коричневий будинок).
На останньому етапі Другої світової війни багато міст Баварії були зруйновані нальотами союзної авіації. Після 1945р. Баварія була в американській зоні окупації. У 1949р. була проголошена Федеративна Республіка Німеччини (ФРН), і Баварія увійшла до її складу.