Воротарську школу Тольдо пройшов у футбольній академії «Мілана», при цьому не зігравши за росонеррі жодного матчу. Пізніше була молодіжна команда «Верони», а починав дорослу кар'єру Франческо в таких скромних клубах, як «Тренто» і «Равенна», відігравши за кожну з них по році, голкіпер перейшов в більш перспективну «Фіорентину», за яку на той момент виступали ще молоді Габріель Батістута і Руй Кошта. Пізніше «фіалки» стали грізною силою, коли молодий Батістута перетворився в одного з найгрізніших форвардів планети, Руй Кошта в класного распасовщіка, а Тольдо в одного з кращих голкіперів серії А.
Багатьом на Апеннінах запам'ятався епізод в одному з матчів серії А. Після закінчення поєдинку «Фіорентини» проти «Аталанти» Тольдо розплакався прямо на полі, підбіг до сектору, де знаходяться найгучніші та агресивні тіффозі його команди, і кинув їм свій воротарський светр. Любов до свого воротаря у фанатів «фіалок» була безмежна, втім, як і до інших гравців, можна згадати, як у Флоренції боготворили Батістуту.
А поки преса наводила паніку, італійські футболісти займалися справою. Груповий етап підопічні Діно Дзоффа пройшли досить легко, пропустивши при цьому два голи (зазначу, що за час всього чемпіонату італійці пропустили з гри чотири голи), а Тольдо показав дуже впевнену гру. Чвертьфінал з румунами теж не доставив їм великих проблем, а ось півфінал з голландцями став зоряним часом для Франческо. «Скуадра адзурра», виступаючи в меншості, м'яко кажучи, не показувала в тому матчі того футболу, якого від неї чекали. По ходу гри Франческо вдалося відбити два пенальті, призначених у його ворота (один удар, правда, прийшовся в штангу), і гра закінчилася нульовою нічиєю, а в серії післяматчевих пенальті Тольдо зумів парирувати ще три удари. Італія вийшла у фінал, а Франческо став мало не національним героєм.
А Тольдо до недавнього часу був в "Інтері" незамінним голкіпером, і лише пару років тому його змінив на цій посаді бразилець Жуліо Сезар. При цьому Франческо не є людиною "глухого" запасу, Моуріньо часто випускає воротаря нема на самі прохідні ігри. За ті вісім років, що він провів у команді, Тольдо встиг виграти аж чотири "скуддето".
Тольдо, поповнивши свою колекцію трофеями, насолоджується життям в Мілані і, отримавши більше вільного часу, займається сім'єю.