Велику популярність в сучасних умовах стала набувати впроваджена система GeneXpert. Сама тест-система GeneXpert є напівкількісну гніздову ПЛР, реакція проводиться в картриджі, для визначення ДНК мікобактерій туберкульозу в зразках мокротиння. Також за допомогою GeneXpert діагностики виявляються мутації стійкості до рифампіцину в тих зразках, отримують від пацієнтів, у яких можливий ризик розвитку стійкості до даному лікувальному препарату. Сучасна діагностична система GeneXpert - це система закритого типу, все діагностичні заходи - визначення, виділення проводять в одноразовому картриджі, за рахунок чого попередньої обробки досліджуваного матеріалу не потрібно, а це дозволяє по максимуму уникнути контамінації цього матеріалу. На численні клінічних досліджень стійкість до рифампіцину зазвичай взаємопов'язана зі стійкістю і до ізоніазиду, а це вимагає проводити повний діагностичний тест до препаратів 1 - 2 ряди. Діагностика проводиться тільки після виділення мікобактерій туберкульозу. Потім результат діагностики обробляється на ПК і прояснює клінічну картину для вирішення питань лікування даного хворого.
До недоліків цього методу дослідження належить той факт, що визначити стійкість збудника можливо тільки до одного препарату рифампіцину, а це веде до необхідності подальшої діагностики, щоб визначити мультирезистентність. Недоліком є те, що для дослідження можливо тільки використання мокротиння і в сучасному світі ведуться роботи, щоб забезпечити можливість застосування інших біологічних матеріалів, метод діагностики є досить дорогим задоволенням, через це має свої обмеження. Найчастіше такий метод проводять для обстеження населення такої групи: ВІЛ інфіковані, особи, який мали тісний контакт з туберкульозним хворим і раніше проліковані хворі.