Кишковий амебіаз. Хворим з недізентерійного формою кишкового амебіазу часто помилково ставлять такі діагнози, як синдром подразненого кишечнику, дивертикуліт або регіонарний ентерит. Амебома може імітувати карциному товстої кишки або гранулематозное захворювання, в той час як клінічний спе КТР ін оявленій амебної дизентерії нагадує такі при шигеллезах, сальмонеллезах, виразковий коліт, а також на ендемічних територіях при шистосомозу. Інвазивні бактеріальні інфекції зазвичай протікають гостріше, важче і частіше самокупірующееся, ніж амебіаз. У фекаліях хворих з шигельоз, сальмонельоз та виразковим колітом міститься велика кількість сегментоядерних лейкоцитів, в той час як при амебіазі цього не спостерігається. Проте амебіаз як за клінічними, так і за радіологічними ознаками може мати велику схожість з будь-яким із зазначених вище захворювань, що слід враховувати при диференціальної діагностики будь-якої форми хронічної діареї або дизентерії.
Однак виявлення дизентерійної амеби в фекаліях не виключає наявності одночасно і інших захворювань. Амебна інфекція часто виникає або загострюється на тлі інших уражень товстої кишки, включаючи шистосомози і карциному сліпої кишки. Тому хворим з кишковим амебіазом і абдомінальними скаргами доцільно досліджувати посіви фекалій, проводити ректороманоскопию і ирригоскопию (барієва клізма).
Абсцес печінки. Якщо при радіоізотопному дослідженні в печінці виявляється дефект поглинання, диференціальна діагностика ставить собі за мету виявити відмінності між пухлиною в печінці, ехінококової кістою і гнійним абсцесом. Новоутворення в печінці можна диференціювати по їх характерними ознаками при ультразвуковому дослідженні, в той час як відсутність системних проявів та наявність відповідних епідеміологічних даних допомагає в розпізнаванні ехінококозу. Найважча діагностична проблема полягає у виключенні гнійного абсцесу. Поступове початок хвороби у дорослого чоловіка, хронічна діарея в анамнезі, виражені плевральні болю в грудній клітці і одиночне поразки правої частки печінки свідчать на користь амебіазу. Підвищена температура тіла, гіпербілірубінемія, множинні вогнищеві дефекти заповнення в печінці і смердючий запах отриманого при пункції вмісту абсцесу з більшою ймовірністю свідчать про гнійному процесі. В кінцевому рахунку, диференціювання цих двох захворювань грунтується на даних лабораторних досліджень.
У разі клінічно вираженою інфекції цінну інформацію дає ректороманоскопия. При цьому беруть матеріал з поверхні виразок і досліджують його на наявність трофозоітов, як це описано вище. Також часто можна виявити трофозоїти в біоптатах, отриманих з патологічних елементів і забарвлених періодичним кислим розчином Шиффа.