У грі є зони з відсутньою гравітацією і зони в розгерметизованих відсіках корабля. У зонах без гравітації у Айзека включаються магніти на чоботях, що дозволяє йому переміщатися звичайним способом. Однак, він може на якийсь час відключити їх і зробити стрибок в будь-якому напрямку, перемістившись, наприклад, на стелю або бічну стіну. Для проходження розгерметизованих зон необхідний запас кисню; Айзек може запасатися декількома балонами з ним. У деяких таких зонах присутні стаціонарні необмежені джерела кисню. Запасу вистачає тільки на певний час, і якщо кисень закінчиться, то Айзек помре. У вакуумі звукові хвилі не поширюються і навколишні звуки в таких місцях відсутні, за винятком глухих ударів по скафандра.
Також в грі практично немає заставок - все кат-сцени інтерактивні. Присутні «верстаки» і «магазини», в яких можна покращувати, закуповувати і продавати спорядження. Також спорядження є в деяких ящиках, шафках і трупах повалених противників.
Музичний супровід гри може змінюватися в залежності від обставин, наприклад, при появі противника або в небезпечних місцях. Сам Айзек не розмовляє і зазвичай мовчить, лише зрідка лаючись і вигукуючи.
У грі присутні дві міні-ігри, які не впливають на сюжет, але дозволяють отримати додаткові предмети та патрони. В обох міні-іграх необхідно заробляти очки, і в них є кілька рівнів складності.
Перша міні-гра є тиром, в якому потрібно стріляти по мішенях у вигляді людей. Мішені діляться на червоні і сині: потрапляння в червоні збільшує кількість очок, потрапляння в сині зменшує. Патрони при стрільбі не витрачаються. Друга міні-гра називається зи-болл і знаходиться в приміщенні в невагомості. Приміщення має вигляд циліндра, на бічній поверхні якого симетрично і паралельно осі циліндра розташовані чотири ряди невеликих майданчиків по три в кожному. На одному з підстав циліндра розташовані чотири отвори; з одного з них викидається м'яч. Після його викиду частина майданчиків починає підсвічується, і гравцеві необхідно стрибати на них, за що даються очки, а майданчики перестають підсвічуватися. Після погашення всіх підсвічених майданчиків необхідно за допомогою кинезис-модуля кинути м'яч назад в один з отворів, після чого він знову буде викинутий, і деякі майданчики знову будуть підсвічуватися. На всю гру відводиться певний час, крім того, під час гри отвори можуть на деякий час закриватися кришкою.
спорядження
Для того щоб купити необхідну зброю, боєприпаси або спорядження, необхідно знайти схему для них.