Мікроби харчуються такими ж харчовими речовинами, які служать їжею для людини і для тварин. Але як в світі вищих тварин існують різні види, пристосовані до харчування різної їжею (рослинною або тваринною), так і серед мікробів існує свого роду «спеціалізація» в цьому відношенні.
Кожен вид мікробів пристосований до харчування певними речовинами. Так, дріжджі харчуються цукрами і виділяють при цьому спирт, молочнокислі бактерії також харчуються цукрами, але виділяти не спирт, а молочну кислоту. Це їх властивість знайшла застосування у виробництві солоних і квашених овочів, у виготовленні кислого молока, кефіру, сирів та інших молочнокислих продуктів. Гнильні бактерії харчуються головним чином білками, наприклад, м'яса, риби і т. Д. І виділяють при цьому різні дурнопахнущіе гази. Таким чином, багато видів мікробів, харчуючись тими ж продуктами, які служать і нашої їжею, викликають їх псування і, отже, є для нас шкідливими гнильні і маслянокислі. Інші - дріжджі, молочнокислі - в певних умовах можуть стати корисними. Але в деяких випадках присутність і цих мікробів небажано; наприклад, дріжджі можуть утворювати спирт в свіжих ягодах і плодах, залишених на зберігання в теплому приміщенні; молочнокислі бактерії викликають скисання овочевих, фруктових і молочних продуктів, залишених в теплому приміщенні, і т. д.
Тому не можна розділити мікроби на шкідливі і корисні. Одні і ті ж види мікробів в одних випадку нам корисні, в інших шкідливі.
Але все ж псування будь-якого харчового продукту є, як правило, результатом життєдіяльності будь-яких мікробів (якщо не брати до уваги такі види псування, як наприклад, забруднення їжі, попадання в неї пилу, осколків скла і т. Д.), І з цієї точки зору мікроби шкідливі.
Слід згадати ще про безумовно шкідливих хвороботворних мікроорганізмах, які іноді можуть потрапити в харчові продукти, наприклад, з молоком або м'ясом від хворих тварин. Спостерігаються, хоча і рідко, випадки потрапляння з грунту або інших джерел дуже небезпечних бактерій ботулізму, які викликають сильне отруєння (іноді зі смертельним результатом, якщо не вжити своєчасних лікувальних заходів).
Тому слід все ж вважати, що боротьба з дією мікроорганізмів є основним завданням при зберіганні і переробці харчових продуктів.