Хоча руйнування від цього нападу були відносно невеликі, вони створили значне занепокоєння в Нагасакі. В результаті частина людей, в основному школярі, були евакуйовані в сільські райони, таким чином, до моменту атомної атаки населення міста дещо скоротилося. Нагасакі цілком міг і не увійти в історію настільки жахливим чином - адже він був запасний метою ядерного бомбардування. Основною метою було місто Кокура.
На цьому неприємності для пілотів не закінчилися - о 8:10, після виходу до точки рандеву з іншими B-29, які брали участь у вильоті, його там не виявилося. Протягом 40 хвилин В-29 Суїні описував круги навколо точки рандеву, спалюючи паливо, але так і не дочекався появи відсутнього літака.
О 8:50 В-29, Суїні, вирішивши більше не чекати, попрямував до Кокур, куди і прибув о 9:20. Тільки тут до нього приєднався другий «заблукав» літак. Проте до цього моменту, Кокур саме небо взяло під захист - над містом згустилася сильна хмарність, що не дозволяло провести візуальне бомбометання. У 10: 32 після трьох невдалих заходів на ціль, в кінець розсерджений Суїні взяв курс на запасну мета - місто Нагасакі. При цьому штурман доповів йому, що через неполадки паливного насоса, пального вистачить лише на один захід на ціль.
Нагасакі за два дні до атомного бомбардування.
Хоча над Нагасакі теж згустилися хмари у Суїні не залишилося варіантів - згнітивши серце він «дав добро» на менш точне бомбометання по радару.
Правда в останній момент американцям нарешті «пощастило» - бомбардир-навідник капітан Керміт Биха в просвіті між хмарами зауважив силует міського стадіону, що дозволило йому зорієнтуватися по місцевості, в 11:00 він справив скидання атомної бомби. Вибух стався о 11:02 за місцевим часом на висоті близько 500 метрів. Потужність вибуху склала близько 21 кілотонни.
Вибух торкнувся район площею приблизно 110 км², з яких 22 км припадає на водну поверхню і 84 км були заселені.
Нагасакі через три дні після ядерного вибуху
Згідно зі звітом префектури Нагасакі, «люди і тварини загинули майже миттєво» на відстані до 1 км від епіцентру. Майже всі будинки в радіусі 2 км були зруйновані, і сухі, займистих матеріалів, такі як папір, запалали на відстані до 3 км від епіцентру. З 52 000 будівель в Нагасакі 14 000 були зруйновані і ще 5 400 - серйозно пошкоджені. Тільки 12% будівель залишилися неушкодженими. Хоча в місті не виникло вогняного смерчу, спостерігалися численні локальні пожежі.
Кількість загиблих до кінця 1945 року склало від 60 до 80 тисяч осіб. Після закінчення 5 років, загальна кількість загиблих, з урахуванням померлих від раку та інших довгострокових впливів вибуху, могло досягти або навіть перевищити 140 тисяч.
1000 білих журавликів
У 1958 році в місті Хіросіма була встановлена статуя, що зображає Садако з паперовим журавликів в руці. На постаменті статуї написано: «Це наш крик, Це наша молитва, Мир у всьому світі».