Події розвиваються після кінця першої частини. Шепарда і його команду відправили усунути останніх гетів. Але раптово на корабель напали. Нам належить пройти невелику відстань до містка корабля, де ми побачимо, що Шепард вмирає. Після нам показують ролик про його пожвавлення. Створюємо персонажа. Ви можете перетягнути персонажа їх першої частини, якщо у вас залишилися збереження.
Після створення персонажа, нам належить втекти з бази. на якій нас оживили. На неї напали роботи. Візьміть пістолет, патрони вам дадуть після того як відчиняться двері. Беремо патрони і йдемо крушити роботів. Заплутатися на цьому рівні не можна, тому що втекти в інші двері не вийти, в ній просто не буде виходу, до речі, в місцях, які ведуть вас в глухий кут частенько можна знайти кредити. Зустрічаємо Джейкоба, який може притягувати ворогів. Щоб притягнути робота наведіть на нього приціл, натисніть лівий Shift і виберіть дію притягнути. Після декількох роботів, вам дадуть можливість поговорити з Джейкобом, в процесі розмови йому на рацію додзвонитися Вілсон, той самий який вас оживив. Біжимо йому на допомогу, по шляху відстрілюючи роботів і збираючи кредити. Добігши до Уїлсона вас, навчать лікуванню. Знову ж наводимо приціл на ціль, натискаємо, лівий Shift і вибираємо лікування. Як тільки Вілсон встає на ноги, відразу ж відкриваються двері в кінці залу, з неї, звичайно ж вибігають роботи, вбиваємо всіх, йдемо далі. Тепер наша мета добігти до шатла, по дорозі знову ж вбиваємо ворогів, збираємо кредити. Як тільки добираємося до дверей, яка веде до Шатле, виявляємо за нею Міранду, яка і розбудила нас, вона відразу ж вбиває Уїлсона і говорить, що він зрадник. Відлітаємо з нею і з Джейкобом на шатлі, де нам під час польоту належить пройти тест, який доведе Міранді і Джейкобу, що ви в порядку після пожвавлення. Прилетівши на базу, вам відразу ж кажуть піти і поговорити з Примарою. Спускайтеся вниз, дивіться ролик і вибирайте відповіді. Привид дасть вам завдання летіти в зруйновану колонію і знайти там хоч що-небудь. Піднімаємося наверх і йдемо до дверей в кінці, відкриваємо її, місія пройдена.
Нас відправляють в спорожнілу колонію. По прибуттю ми виявляємо, що на планеті теж присутні ворожі нам роботи. Пройшовши через кілька засідок, виявляємо, що на планеті ми не одні, зустрічаємо стару знайому Талі, і її помічника Праззу зі своїм загоном. Вони розповідають про те, що вороже роботів налаштував Вітор, і те, що він може, щось знати, про те, що ж тут сталося. Вони пропонують розділитися і піти з двох сторін. На шляху до Віторія вам попадуться новий вид роботів, спочатку з них потрібно збити щит, вміння Міранди. Наводимо приціл на робота, натискаємо, лівий Shift і вибираємо вміння перевантаження. Під час бою, Талі повідомляє, що Празза вирішив забрати Вітора собі, але не тут, то було. На Праззу напали дуже сильні роботи, і проти них у них не було шансу. Цих роботів потрібно так само вбивати перевантаженням. Після того як розберетеся з роботами йдіть в комірчину до Віторія. Судячи з першого погляду, він зійшов з розуму. Але немає, він розповідає про те, що на планету напали колекціонери. Вирушаємо назад на базу, при розмові з Примарою дізнаємося, що колекціонери, ймовірно, належать Жерцям. Привид пропонує зібрати вам нову команду, і дає вам старого пілота - Джокера, того самого, якого ми рятували на самому початку гри, так само він дав новий корабель.
Потрапивши на корабель. нас навчать користуватися картою галактики. Летимо на планету Омега. По прибуттю нам говорять, що нас чекають в клубі «Загробне життя». Йдемо в клуб, піднімаємося на другий поверх. Розмовляємо з Арією. Вона пояснює нам, що за Архангелом полюють найманці і щоб знайти його потрібно вступити в загін. Спускаємося і підходимо до вербувальників. Записуємось в загін, виходимо з клубу, по тій же дорозі по якій прийшли, йдемо на право там нас чекатиме водій, говоримо з ним він відвозить нас до місця призначення. Відразу ж нам дають завдання поговорити з Кафкою. Біжимо до нього, він говорить, що до Архангелу йдуть два загони, один відволікаючий, а інший буде нападати на нього зі спини, але це не по нас, вбиваємо Кафку. Всі загони найманців відразу стають для нас ворогами, проходимо до Архангела. Як виявилося Архангел наш старий знайомий - Гарус. Він згоден піти з вами, але для початку потрібно прибрати найманців зі шляху або нам не вийти. Відстрілюємо все тих, хто біжить до нас. Роботів з захистом потрібно спочатку розбивати спец. вміннями, ну і кулі їх теж беруть. Після того як розібралися з одного з угрупувань найманців, нам говорять, що друга проривається через підвал, спускаємося вниз і блокуємо двері, по шляху вбиваючи всіх хто попадеться. Після того як заблокуємо всі двері Гарус повідомляє, що на нього напали. Піднімаємося назад до нього, допомагаємо. Після цього Шепард пропонує йти і прорватися через заставу синіх світил, але вони випередили його і прилітають на кораблі прямо до вікна, де ми стоїмо, вбиваємо головного і його підручних, після добиваємо їх корабель. Місія з Архангелом завершена, але на Омезі залишився ще один майбутній член команди. Знову летимо на Омегу, йдемо в місце під назвою зона карантину, це справа від клубу. Там буде стояти охоронець, домовляємося з ним про те, щоб він пропустив нас. Усередині карантину нам потрібно знайти лікарню, натискаємо M і біжимо по стрілці. Добравшись до лікарні, шукаємо доктора Соулса. Він погоджується піти з нами за умови того, що ми допоможемо йому знищити вірус. Погоджуємося на це і йдемо до системи вентиляторів. Нас там будуть чекати. Ракетників, які стоять на балконах найкраще вбивати зі снайперської гвинтівки. Добравшись до станції, вороги відкривають нам свій секрет, за ними стоять все ті ж Колекціонери. Перестрілювалися все що рухається, вводимо ліки. Тепер потрібно запустити два вентилятори, вони знаходяться з боків кімнати, в якій ми знаходимося. Запускаємо вентилятори. Говоримо з доктором.
Тепер нам потрібно забрати Джек - укладену на кораблі-в'язниці. Скориставшись ретранслятором, летимо в ту систему, в якій знаходиться цей корабель. Пристиковуватися до корабля, нас просять віддати зброю, природно не погоджуємося. Проходимо по коридору до кімнати очікування. Як тільки дістанетеся до неї виявиться, що вам нікого і не збиралися віддавати, а навіть навпаки укласти вас в цю в'язницю. Дістаємо зброю і перестрілювалися охоронців, тут доведеться стріляти багато, тому підбираємо всі патрони, які попадуться. Добравшись до головного охоронця, вам потрібно буде вимкнути щити, просто наводите приціл на стійки, які забезпечують потужність щита, і використовуйте уміння - деформація або перевантаження, попутно відстрілюйте ворогів. Сотників і інших охоронців зі щитами найкраще знімати зі снайперської гвинтівки прямо в голову, тоді вони вмирають відразу, так само зробіть і з головним охоронцем, щоправда йому треба буде вистрілити рази два-три. Після цього поговорите з Джек.
Вирушаємо шукати Талі. Летимо до ретранслятора, дивимося, куди і перелітаємо. Поруч є планета, раджу її досліджувати, тому що там дуже багато ресурсів. Приземляючись на планету, вас відразу попереджають про те, що сонце тут дуже сильно, і щити не витримують. Тому намагайтеся триматися в тіні, не виходьте на сонці, перебігайте відкриті ділянки спринтом. Техніка бою з гетами така ж, як і з усіма. По дорозі підберіть рацію, там вам скажуть, що Талі знаходитися в безпечному місці, а ось ті, хто з вами спілкуються не зовсім. Потрібно пройти в приміщення, але колона перекрила шлях. Вбиваючи гетів, прориваємося до лівого складу. Забираємо вибухівку, кредити, досліджуємо поліпшення для зброї. Далі вибігаємо з складу повертаємо наліво, пробігаємо по прямій в наступний будинок. Забираємо вибухівку, повертаємося до колони. Висаджуємо її. Збираємо все, що є в будинку, розмовляємо з Талі. Вона відкриє нам двері. Після того як пробіжите до кнопки яка відкриє вікна, ви побачите Колос Гетов. Велика машина, яка вміє виліковувати себе. Спускайтеся вниз, ви побачите кваріанца, який розмовляв з вами по рації. Він буде відволікати увагу колоса на себе, поки ви будете прориватися до нього, по шляху вбиваючи всіх гетів, тут буде дуже жарко, тому приготуйтеся багато стріляти. Як тільки ви доберетеся до колоса, стріляйте в нього, щити відновлюватися не будуть. Убивши колос і всіх гетів, йдіть до Талі.
Залишаємося на Ілліуме. Йдемо в вантажний район. Там розмовляємо з Пинтю. Він каже, що нам краще поговорити з детективом. Йдемо до неї, вона в мед. частини. Поговоривши з нею, дізнаємося, що Миколаїв перебувати на місці злочину. Йдемо туди, вбиваємо кілька членів затемнення. Заходимо, дивимося ролик, розмовляємо з Самарою. Вона згодна піти з вами тільки тоді, коли ви дізнаєтеся назву корабля, на якому відвезли злочинця. Повертаємося, розмовляємо з Пинтю. Він дає нам ключ для того щоб ми могли потрапити на базу затемнення. Йдемо в ліфт. Піднімаємося на базу, вбиваємо всіх, там, де будуть двері, її потрібно зламати, там буде учасниця затемнення, вона спробує вас убити, якщо ви хочете заробити очок відступника можете вбити її. Пройдіть далі по кімнаті зберіть все, що там є. Піднімаємося вище. Його всіх, хто вам попадеться, на шляху вам зустрітися корабель, який буде атакувати вас, раджу підірвати його з гармати Колекціонерів, якщо звичайно вона у вас є. Перед сутичкою з главою затемнення вам зустрітися член команди Пинтю, він не багато не в собі, тому з ним як хочете, можете взяти його з вами або ж залишити тут, залежить від вас. Вбити її не важче, ніж всіх інших, хоча якщо у вас знову ж таки є гармата Колекціонерів завдання зводитися до того щоб тримати її в прицілі кілька секунд. Убивши всіх, візьміть зі столу інформацію і повертайтеся до Самарі. По дорозі зустрінете Пинтю, віддайте йому те, що він просить. Зайдіть в мед. частина, поговоріть спочатку з Самарою, а потім з детективом, скажіть їй, що вбивця це найманка з затемнення. Повертайтеся на «Нормандію». Після повернення у вас не буде сюжетних місій, тому потрібно виконати місії від екіпажу, раджу взяти місію Грюнта і Соулса. Вони знаходяться на одній планет. Особливих рад за цими місіям немає, там все просто пробігти вбити головного і все. На місії з Грюнтом раджу взяти гармату Колекціонерів, щоб швидше вбити молотники. Можете виконати ще місію Міранди (в нагоді в подальшому ...). Після того як виконайте ці місії повертайтеся на «Нормандію» там вам скажуть, що Привид чекає, коли ви вийдете з ним на зв'язок, йдіть в конференц-зал і поговорите з ним. Він скаже, що туріанскому кораблю вдалося знерухомити корабель Колекціонерів і у нас є час подивитися на це. Летимо туди. Висадившись на кораблі можете сміливо збирати все, що вам попадеться, тут дуже багато технологій Колекціонерів і вони дуже нам знадобляться. Як тільки ви спробуйте підключити Сузі до корабля, то на вас відразу ж нападуть. Як і можна було здогадатися, це була пастка, до речі, це той же самий корабель, що і атакував нас на самому початку гри. Відбивайтеся від колекціонерів, кулі краще перемкнути на заморожують. Як тільки відіб'є, біжіть до того місця, де ви намагалися підключити Сузі. Підключайте її. Корабель починає включатися, але Сузі стримує його. Біжимо до місця висадки, попутно вбиваючи колекціонерів. Добравшись до свого човника вас, відвозять на «Нормандію», де ви спішно змивається від корабля Колекціонерів. Привид хоче поговорити з вами, він знав, що корабель це пастка, але сказав, що якби сказав вам, то ви б не пішли. Поговоривши з ним, чекає відверта розмова з командою. Після цього йдемо до карти галактики і летимо до женців.
На женці нас очікує, ймовірно, наймасовіша стрілянина у всій грі, по крайней мере, я не пам'ятаю такої перестрілки до цього моменту. Стріляти треба буде не просто багато, а шалено багато, пройти місію з першого разу можна, тільки якщо стріляти по головах. Коли на вас буде нападати натовп, намагайтеся відбігати назад і не користуватися укриттями, постійно рухайтеся. Як тільки дістанетеся до ядра, займіть позицію біля пульта, там, де стояв гет в ролику. Як тільки ядро відкривається, розвертайтеся і стріляйте в нього. Хасков близько намагайтеся не підпускати, а то можуть затиснути. Після цього «АДА» забирайте гета і йдіть. Опустіться на 3 палубу. Відправляйтеся в ядро ІІ, активуйте гета, поговоривши з ним, ви розумієте, що гети бувають двох видів і цей доброзичливий. Тепер нам потрібно чекати поки активують систему свій-чужий. У цей час ми маємо виконувати місії членів екіпажу.
Після виконання 3-4 місій від членів екіпажу, потрібно полетіти на виконання наступної, як тільки натиснете на стиковку з планетою, вам покажуть ролик про те, що система свій-чужий готова. Вас просять спуститися в човник. Як тільки Шепард з командою полетить. Сузі відразу ж повідомить Джокеру про те, що свій-чужий посилає сигнал про те, де знаходиться «Нормандія». Моментально з'являтися корабель Колекціонерів. Колекціонери вторгаються на корабель, а нам треба буде пройти до ядра ІІ по трубах. Біжіть по кораблю дорогу вам вказують червоні миготливі лампочки на підлозі. Відкривши доступ вам потрібно спуститися на 4 палубу в інженерний відсік. Йдучи по сходах, будьте обережні, зачекайте колекціонери пройдуть, і тільки потім ідіть. Заходьте і активуйте ядро. Сузі рятує «Нормандію», але весь екіпаж загинув, разом з Колекціонерами. Система свій-чужий готова. Можна летіти в систему Омега і скористатися ретранслятором Омега-4. Як тільки скористайтеся ним, почнеться самогубна місія.
Самогубна місія не так самогубна, скільки командоубійственная, тому що в ній загине більшість членів вашої команди. На самому початку місії вам належить розібратися з оком на нижній палубі. Стріляйте по ньому, як і звичайного босові. Бити його треба буде 2 рази. Після цього ви зробите «м'яку» посадку на базу Колекціонерів. У цій місії вам належить формувати загони, які будуть виконувати ту чи іншу мету. Вибирайте як хочете, право ваше, загинуть той кого ви вибрали на роль того хто полізе по трубах, той хто піде з вами під куполом біотика, і той хто очолить загін який буде проходити до дверей, поки ви будете йти під куполом. Під час першого проходу потрібно буде відкривати заслінки в шахті вентиляції, підбігає до консолі і відкривайте, проблема полягає в тому, що вам будуть посилено заважати, тому стежте за показником здоров'я вашого товариша. Після вам належить вибрати біотика, який буде створювати купол, для проходу через рій. Поки ви будете під цим куполом ваше завдання захистити біотика, щоб до нього ніхто не прорвався, користуйтеся укриттями, патронів може не вистачати, тому намагайтеся економити, якщо ж їх не вистачило, можна на кілька секунд вийти з-під купола за ними, якщо вони за ним. Добравшись до кінця, вам доведеться залишити двох товаришів на захист двері, а самому вирушити до реактору базу. Як тільки ви підійдете до нього, вашим очам постане людиноподібний Жрець. У його усунення, немає ніяких особливих фішок. Вам потрібно стріляти по ємностей у нього в руках, після того як розіб'єте одну, інші закриються і з'являться Колекціонери. Жрець падає, ви відкриваєте реактор і тут як тут з'являтися Привид, він хоче, щоб ви зберегли базу. Вирішувати знову ж вам, я її знищив. Після того як активуйте реактор жрець прокинеться, а разом з ним прилетять нові Колекціонери. Стріляйте йому по очах, це його так зване вразливе місце. Остаточно розібравшись з жерцем, дивимося фінальний ролик, про те, як Шепард рятується з бази і відлітає на «Нормандії» і той як Жерці, яких вже багато летять по космосу. Тепер ви можете або продовжити гру, або розпочати її за новою тим же персонажем, але вам дадуть більше ресурсів і кредитів.