Основу прапора становив Військово-морський прапор Російської Федерації з іншою пропорцією і кольором діагонального хреста.
Опис прапора кораблів, катерів і суден Державної прикордонної служби Російської Федерації
Прапор кораблів, катерів і суден Державної прикордонної служби Російської Федерації являє собою полотнище світло-зеленого (глибокого) кольору з темно-блакитним діагональним хрестом (колір - берлінська лазур), окантовані білою смугою.
Відношення ширини прапора до його довжини - один до півтора, ширини темно-блакитний смуги до ширини прапора - 1/7, ширини білої окантовки до ширини темно-блакитний смуги - 1/2.
Опис прапора кораблів, катерів і суден прикордонних органів
Світло-зелене прямокутне полотнище, перекрещённое синім діагональним (Андріївським) хрестом з білою облямівкою.
Відношення ширини прапора до його довжини - два до трьох. Відношення ширини кінців хреста до довжини прапора - один до десяти. Відношення ширини білої облямівки до ширини кінців хреста - один до двох.
Таким чином, пропорції і колір діагонального хреста стали відповідати Військово-морського прапору Російської Федерації.
Орденський прапор кораблів, катерів і суден
Опис орденського прапора кораблів, катерів і суден Державної прикордонної служби Російської Федерації
Орденський прапор кораблів, катерів і суден Державної прикордонної служби Російської Федерації являє собою прапор кораблів, катерів і суден Державної прикордонної служби Російської Федерації, що має в крижі зображення ордена.
Розмір крижа - 1/4 частина полотнища прапора. Зображення ордена поміщається в центрі крижа.
Гюйс кораблів 1 і 2 рангів
Опис гюйса кораблів 1 і 2 рангів Прикордонних військ Російської Федерації
Гюйс кораблів 1 і 2 рангів Прикордонних військ Російської Федерації являє собою червоне полотнище з білим вертикальним хрестом, на яке накладено темно-блакитний діагональний хрест, окантований білою смугою.
Відношення ширини прапора до його довжини - один до півтора, ширини темно-блакитний смуги до ширини прапора - 1/7, ширини білої смуги вертикального хреста до ширини темно-блакитний смуги діагонального хреста - 1/2, білої окантовки діагонального хреста до ширини темно- блакитний смуги - 1/4.
Опис гюйса кораблів 1 і 2 рангів прикордонних органів
Червоне прямокутне полотнище, перекрещённое прямим білим хрестом і накладеним на нього синім діагональним (Андріївським) хрестом з білою облямівкою.
Відношення ширини гюйса до його довжини - два до трьох. Відношення ширини кінців діагонального хреста до довжини гюйса - один до десяти. Відношення ширини кінців прямого хреста до ширини гюйса - один до двадцяти. Відношення ширини білої облямівки діагонального хреста до ширини діагонального хреста - один до двох.
Пропорції і колір діагонального хреста стали відповідати Військово-морського прапору Російської Федерації, але на відміну від гюйса Військово-Морського Флоту, ширина білої окантовки діагонального хреста в три рази ширше.